fasta的几种index方法

1.bowtie2：

bowtie2-build genome.fasta genome

2.bwa:

bwa index genome.fasta -p genome

3.hisat2

第一步：转录本的index：

extract_exons.py gencode.vM19.annotation.gtf > genome.exon

extract_splice_sites.py gencode.vM19.annotation.gtf > genome.ss

hisat2-build -p 20 GRCm38.chr.fa --ss genome.ss --exon genome.exon genome_tran

第二步：基因组的index：

hisat2-build -p 20 genome.fa genome