1.安装VMware 12 Workstation
- 百度秘钥破解：5A02H-AU243-TZJ49-GTC7K-3C61N
- https://zhidao.baidu.com/question/434256533507959284.html
2.创建Ubuntu 14.04虚拟机（教程见下篇）
3.安装VMware tools调整全屏
- 进入系统
- Ctrl+Alt+T打开命令行
$ cd ~/桌面/vmware tools
$ tar -zxvf VMwareTools-10.0.10-4301679.tar.gz
$ cd vmware-tools-distrib
$ sudo ./vmware-install.pl
一路yes......
一路Enter......
Enjoy
- 重启
- 登录后成功全屏
- 若没有成功，检查VMware设置（查看-自动调整大小）
4.解决Ubuntu14.04在VMware中连接USB3.0U盘提示“设备无法连接到它的理想主机控制器”的问题
- 虚拟机-设置-USB控制器-USB兼容性-USB3.0
5.Ubuntu手动更新
- 进入系统
- 按win键
- 搜索update得到软件更新器
6.更新软件至最新
$ sudo -i
$ apt-get update
$ apt-get upgrade
$ apt-get autoremove
$ exit
- 如果遇到：Ubuntu有x个软件包未被升级
$ sudo apt full-upgrade
或者
$ sudo apt-get dist-upgrade
7.把主目录下文件夹改为英文
- 打开命令行（Ctrl+Alt+T)
- 进入账户（非root）
$ export LANG=en_US
$ xdg-user-dirs-gtk-update
- 更新名称
$ export LANG=zh_CN
- 重启Ubuntu，下次进入系统后，会提示是否把目录转化为中文，选择不允许并选择不再提示
8.安装Chrome浏览器
$ sudo -i
$ wget http://dl.google.com/linux/direct/google-chrome-stable_current_amd64.deb
$ dpkg –i google-chrome-stable_current_amd64.deb (这里会失败一次）
$ apt-get –f install
$ dpkg –i google-chrome-stable_current_amd64.deb
$ exit
9.安装R
- 进入R官方网站
- 点击download R
-
点击“清华源”
- 点击Download R for Linux
- 点击ubuntu
- 点击trusty
-
找到下图文件
- 点击下载后双击安装即可
10.安装RStudio
- 官网下载Desktop版本，双击deb安装即可，不在此赘述
11.调整RStudio下载package的源为中国源
- Tools-Global Options-packages-CARN mirror-选择China(Beijing)的清华源即可
12.调整RStudio默认的文件保存编码
- Tools-Global Options-code-saving-Default text encoding-改为默认UTF-8
13.安装google拼音（避免RStudio中无法输入中文的问题）
- 打开命令行
$ sudo apt-get install ibus-googlepinyin
- 重启
- 右键系统额头的语言图标
- 文本输入设置
- 设置输入源和快捷键即可
14.RStudio安装R Notebook
- 可以直接点击File-New File-R Notebook，然后跟着系统提示安装依赖包
- 如果没出现问题，安装结束；如果出现问题，可以按照下述步骤操作
- 进入命令行
$ sudo apt-get install g++
- 直接装包（install.packages("")）：evaluate、digest、formatR、highr、markdown、stringr、yaml、Rcpp、htmltools、caTools、bitops、knitr、jsonlite、base64enc、rprojroot、rmarkdown
15.R装包（1000余个，可选）
15.1 安装JAVA（rJava包依赖）
- 到官网下载好Java的安装用压缩包，“jdk...tar.gz”，放到~/Downloads下
$ sudo -i
$ cp /home/username(用你的账户名替换)/Downloads/jdk...tar.gz /opt
$ cd /opt
$ tar -zxvf jdk...tar.gz
$ gedit /etc/profile
- 在文件末尾加入
export JAVA_HOME=/opt/xxxx/jdk...
export JRE_HOME=/opt/xxxx/jdk.../jre
export CLASSPATH=.:$CLASSPATH:$JAVA_HOME/lib:$JRE_HOME/lib
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/bin
- 退出root，回到user，刷新更改
$ exit
$ source /etc/profile
- 把R和Java建立联系
$ sudo -i
$ R CMD javareconf
$ exit
- 重启机器
15.2 安装openMPI
- 按照官方文档安装，大致过程为： install openMPI as root + source and test as user + restart
- https://cran.r-project.org/web/packages/pbdMPI/INSTALL
- 安装好之后在命令行中执行如下命令
$ R
> install.packages("rlecuyer")
> install.packages("pbdMPI")
15.3 补装库文件（Ubuntu缺少很多库文件，安装如下库文件能够基本保证以后装包不会有问题）
$ sudo -i
$ apt-get install -y libcurl4-gnutls-dev
$ apt-get install -y libxml2-dev
$ apt-get install -y libmime-base64-urlsafe-perl
$ apt-get install -y libdigest-hmac-perl
$ apt-get install -y libdigest-sha-perl
$ apt-get install -y libssl-dev
$ apt-get install -y mesa-common-dev
$ apt-get install -y libglu1-mesa-dev
$ apt-get install -y libgsl0-dev
$ apt-get install -y libudunits2-dev
$ apt-get install -y libnetcdf-dev
$ apt-get install -y libfftw3-dev
$ apt-get install -y libcurl4-openssl-dev
$ apt-get install -y libproj-dev
$ apt-get install -y libxml2-dev
$ apt-get install -y bwidget
$ apt-get install -y libgtk2.0-dev
$ apt-get install -y gfortran
$ apt-get install -y libblas-dev
$ apt-get install -y liblapack-dev
$ apt-get install -y libjpeg-dev
$ apt-get install -y liblzma-dev
$ apt-get install -y libbz2-dev
$ apt-get install -y ggobi
$ apt-get install -y libgmp-dev
$ apt-get install -y libdieharder-dev
$ apt-get install -y libmpfr-dev
$ apt-get install -y libcairo2-dev
$ apt-get install -y libxt-dev
$ apt-get install -y libnlopt-dev
$ apt-get install -y libmysqlclient-dev
$ apt-get install -y r-cran-tkrplot
$ apt-get install -y r-cran-rjags
15.4 进入RStudio开始装包
#提前下载好离线包:multtest_2.8.0.tar.gz,放到~/Downloads
#install Biobase and multtest in order to install hddplot in Multivariate
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biobase")
install.packages("/home/ljy/Downloads/multtest_2.8.0.tar.gz",repos=NULL,type="source")
##change the package source
#local(
# {
# r <- getOption("repos")
# r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
# options(repos=r)
# })
#install and library the package "ctv"
install.packages("ctv")
library("ctv")
#install the views
install.views("TimeSeries")
install.views("MachineLearning")
install.views("Cluster")
install.views("Multivariate")
install.views("Distributions")
install.views("Graphics")
#print the warning information
warnings()
#other packages
install.packages("RSQLite")
install.packages("TraMineR")
install.packages("data.tree")
install.packages("plotly")
install.packages("ggthemes")
16.安装命令行工具
$ sudo apt-get install terminator
17.安装桌面主题
- 打开命令行
$ sudo add-apt-repository ppa:numix/ppa
$ sudo apt-get update && sudo apt-get install numix-gtk-theme
- 打开Unity Tweak Tool
- 外观-主题-“Numix”
- 打开命令行
$ sudo apt-add-repository ppa:numix/ppa
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install numix-icon-theme-circle
- 打开Unity Tweak Tool
- 外观-图标-“Numix-circle”