目的：
当你想可视化你所研究的数据在染色体上分布，可能会用到RIdeogram来画类似的图。如何整理成要求的输入文件格式呢？
image.png
标准输入文件： 一定长度为bins 的count 数统计文件（类似bedgraph格式）
假设你手里有ChIP-seq测序结果的bed 文件,如何得到等bin区间的bedgraph 结果呢。
你可以选择bed 转成bam再转成bedgraph:
工具列表 bedtools bedToBam ;deeptools bamCoverage .
但是你是否想过这样得到的结果，也就是bedgraph 文件存在一个问题，相同的value的区间会自动合并，你可以通过下面操作让bin 不合并)
实践：
输入文件
csi.chromosome.fa.fai ： 基因组samtools faidx 索引文件
50bpC5_1.id0.9co50bp.nochrUn : 比如ChIP-seq uniq.bamtobed 文件
代码
### 将基因组以10k 为bin进行分割
awk '{n=int($2/10000);for(i=0;i<=n+1;i++){print $1"\t"i*10000"\t"(1+i)*10000}}' csi.chromosome.fa.fai > csi.chromosome.10k.bedgraph
### 将bed 文件进行排序，注意strand 正负向问题
$ less -S 50bpC5_1.id0.9co50bp.nochrUn |cut -f 2,9,10 |awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{if($3>$2)print $1,$2,$3;else print $1,$3,$2}' > 50bpC5_1.id0.9co50bp.nochrUn.sort.bed
### 利用bedtools coverage 得到bedgraph 文件（相同value的bin不会合并）
$ bedtools coverage -a csi.chromosome.10k.bedgraph -b 50bpC5_1.id0.9co50bp.nochrUn.sort.bed |cut -f 1-4 >50bpC5_1.id0.9co50bp.nochrUn.sort.bedgraph
结果
image.png
补充代码：
image.png
思考：
1.bedtools makewindows 也可以分bin.
2.输入文件是普通的bedgraph 可能也可以，为了保险起见，开始用bedtools 来按照每个bin分别统计count 数。
3.如何根据正负链对基因区间分bin呢，bedtools windows不区分正负链，按照从左向右分bin.
image.png
$ cat test
chr01 72471 75738 gene . -
chr01 78901 79572 gene2 . +
cat test| awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{n=int(($3-$2)/1000);
if($6=="-"){
for(i=0;i<=n-1;i++){
print $1,$3-(i+1)*1000,$3-i*1000,$4,$5,$6,i
} ;
{print $1,$2,$3-i*1000,$4,$5,$6,i}
} else {
for(i=0;i<=n-1;i++){
print $1,$2+i*1000,$2+(i+1)*1000,$4,$5,$6,i
};
{print $1,$2+(i+1)*1000,$3,$4,$5,$6,i}
}
}'