【R语言】clusterProfiler富集分析，物种注释数据库

相信大家对Y叔的clusterprofiler这个R包并不陌生，一般做基因富集分析的时候都会用到这个R包。这个包非常实用，并且画出来的图也很不错。

其实小编前面已经花了不少篇幅给大家介绍过如何使用这个R包做GO富集分析和结果可视化，以及如何将富集结果中的gene ID转成基因名字

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol

还有计算富集倍数的三种方法

☞GO和KEGG富集倍数（Fold Enrichment）如何计算

对于没有太多基础的小伙伴，小编还特地录制了视频进行了详细的讲解

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

当然使用clusterprofiler这个R包也可以进行KEGG富集分析

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

当然小编也将以上所有内容整理成了一个系统的线上课程

☞GO和KEGG富集分析线上课程

我们知道一般做富集分析，都需要有一个注释数据库。里面存放了对每个基因的注释信息，告诉我们这个基因属于那一条KEGG通过，参与到那些生物学过程（BP），有那些生物学功能（MF）以及属于哪一种细胞成分（CC）。一般我们对人这个物种中的基因做富集分析的时候，都会用到org.Hs.eg.db这个注释数据库，Hs代表的是human。小编也讨论过如何安装这个注释数据库。☞加载R包org.Hs.eg.db出错，避坑指南！

library(org.Hs.eg.db)
library(clusterProfiler)
ego <- enrichGO(gene = DEG,
                OrgDb=org.Hs.eg.db,
                ont = "all",
                pAdjustMethod = "BH",
                minGSSize = 10,
                pvalueCutoff = 0.01,
                qvalueCutoff = 0.01,
                keyType='ENSEMBL')

那么问题来了，对于其他的物种，如小鼠，大鼠，线虫等等，其他物种的注释文件该如何获取呢？

可以从下面这个网页中查找，每一行代表一个物种的注释文件。

http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___OrgDb

在做分析的时候我们只需要将代码中的org.Hs.eg.db更换成相应的物种的注释文件就可以了，例如我们换成小鼠的

library(org.Mm.eg.db)
library(clusterProfiler)
ego <- enrichGO(gene = DEG,
                OrgDb=org.Mm.eg.db,
                ont = "all",
                pAdjustMethod = "BH",
                minGSSize = 10,
                pvalueCutoff = 0.01,
                qvalueCutoff = 0.01,
                keyType='ENSEMBL')

参考资料：