2020-05-13 R语言常用代码

• rm(list=ls())

• stringsAsFactors = FALSE

• options(warn=-1) # turn off warning message globally

• suppressMessages (library(Seurat))

• 计算时间

• start_time <- Sys.time()

• end_time <- Sys.time()

• end_time - start_time

• write.table (pbmc.data, file ="pbmc.data.txt",sep ="\t", row.names =TRUE, col.names =TRUE, quote =TRUE)

• write.table (pbmc.data, file ="pbmc.data.txt",sep ="\t")

• pbmc <-Read10X("hg38_and_mm10/")

• save(pbmc, file = "pbmc.RData") 保存

• load(file = "pbmc.RData") 加载

• Rmarkdown代码

• date: "Last compiled on r format(Sys.time(), '%m/%d/%y')"

• {r,warning=FALSE,message=FALSE}

• 插入链接 我的主页

• 设定随机种子保证可重复 tsne 或者umap之前 set.seed(1234)

• fix(test) 变量重命名

• F1 帮助

• 如果文件编码是 UTF-8，那么需要在Rstudio中运行 rmarkdown::render('你的文件.Rmd', encoding = 'UTF-8')

• 如果不是 先把makdown文件 file save as UTF-8 即可生成中文 不会中文乱码

• rmarkdown的bug需要再代码框中运行找出 markdown只负责结果 不方便找bug

• 代码框可以 ctrl f 查找代码

• Rstudio打不出字的时候可以来这打好复制

• 第八章 数据结构

• R的内置数据集 markdown调用不了？可以的