LDdecay（连锁不平衡检测）

1 安装PopLDdecay，优点：方便不需要转换格式（plink需要）

## 下载

git clone https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.git   

## 安装

cd PopLDdecay         

chmod 755 ./configure 

./configure

make

cd ./bin/ 

./PopLDdecay

## 添加到环境变量

vim ~/.bashrc

I 键入下图 1

图1 在~./bashrc 文件中添加代码

source  ~/.bashrc

2 计算LD Decay

PopLDdecay -InVCF SNP.filtered.vcf -SubPop zy.list -MaxDist 5000 -OutStat out.zy.stat

PopLDdecay -InVCF SNP.filtered.vcf -SubPop cb.list -MaxDist 5000 -OutStat out.cb.stat

PopLDdecay -InVCF SNP.filtered.vcf -SubPop dy.list -MaxDist 5000 -OutStat out.dy.stat

3 多亚群绘图

ls *.stat.gz | awk -F "." '{print $0"\t"$2}' >ld_stat.list

perl ~/biosoft/PopLDdecay/bin/Plot_MultiPop.pl -inList ld_stat.list -output ld_stat5000.multi