1、简单箱线图
示例数据：本人自编，仅供软件学习练习使用。假设对一个试验对象进行两个指标的测定，指标1重复测定20次，指标2重复测定15次。数据如下。
打开GraphPad9.0，在左侧栏New table&graph选择Column，在Data table中选择Enter or import data into a new table创建新的工作表，下面的Options选择Enter replicate values，stacked into columns，完成后点击右下角的Create。录入数据。重命名数据表文档名为简单箱线图。
在软件左侧栏导航栏Graphs中点击简单箱线图，软件主界面会自动跳出图形类型选择框。
选择Box and violin。下面有供选择的图形展示类型，可自行选择。这里我选择第2种，带误差线的箱线图。Plot选择了line at median。选好后点击ok。这样简单箱线图就做好了。
双击图形，跳出参数设置界面，逐一对图坐标，图形边框线条粗细等进行调整。若想绘制点和箱图共存图，可以在Style选项卡中的Whiskers中选择Min to Max. Show all points。也可依次对箱体颜色进行设置。
点击导航栏Data Tables中简单箱线图，调出数据表，再点击Analyze，在column analyses下选择t tests。因为这里我的示例数据是2组，因此要比较2组的差异，应选用t test。选择参数，因为是非配对差异比较，因此选择unpaired，符合高斯分布，选择use parameter test，假设方差齐性，因此选择Unpaired t test，Assume both populations have the same SD。
分析结果报告如下：
点击图形，再点击软件上方操作栏Draw下添加显著性标注按钮，在下拉菜单中有自动添加按钮Atomically add pairwise comparisons。
接着可以对图形进行进一步的美化。
2、分组箱线图
示例数据：为本人自编，仅供软件学习实例操作使用。2个nitrogen水平记为N1和N2，4个玉米品种（maize variety），分别记为M1、M2、M3、M4，指标index测定3次重复，分别记为index1、index2、index3。可在Excel中整理数据如下。
打开Graphpad 软件，进入数据表选择界面，选择Grouped，Data Tables选择Enter or import data into a new table，Options选择Enter 3 repeate values in side-by-side subcolumns，表示重复测定的3个值录入子列中。
数据录入如下：
返回导航栏点击Graphs下分组箱线图。基本图成形。双击图形，跳出参数设置界面，进行参数设置，美化图形。
返回数据表，点击analyze，在Grouped analyses中选择Two-way ANOVA，右侧Analyze which data sets将数据全部勾选。
这里Matching by which factor选择第二项。表示每一行是一个因素，重复值录入子列。
Repeated Measures选项卡中选择Repeated measures ANOVA。
Factor names可对行和列对应的因子名称进行设置。
Multiple Comparisons选择进行多重比较的方式。
Options选择多重比较的方法。这里选择Tukey。全都设置完后点击ok。可以点击导航栏Results中对应的文件查看分析结果报告。
也可以自动将显著性标注添加到图上，方法同简单箱线图，可是自动添加会把多重比较的结果全部加到图中，不美观。我选择字母标注，并且将两因素方差分析结果的p值手动添加到图中。结果如下：