陈巍学基因视频学习笔记--视频9：small RNA-seq

前期笔记

陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理
陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用
陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序

第一部分：small RNA-seq建库测序方法

1. small RNA

microRNA，tRNA，piRNA等，microRNA数量众多，表达量变化丰富。

2. 建库

image.png

small RNA的结构上是5'有一个磷酸基团，3'有一个羟基基团。分别在两端连接上相应的接头，逆转录得到第一链cDNA，PCR扩增之后得到双链cDNA文库；电泳分离，切胶回收后得到small RNA文库。

image.png

3. RIN值需要在8.5以上

1ug 总RNA可进行一个反应，要求总RNA的RIN值在8.5以上。

第二部分：small RNA-seq的数据分析

1. 过滤序列

过滤引物二聚体及N序列

2. 统计各种长度的small RNA数量

image.png

3. 比对到参考基因组

4. 与已知的small数据库进行比对

5. small RNA的表达量：TPM

image.png

6. 表达差异等等

microRNA通过和mRNA结合，从而阻止翻译成蛋白，从而抑制靶基因表达。

7. 发现新的microRNA