微生物基因组重测序得到的SNP、indel、sv等分析结果如何进行后续的实验验证？

答：

通过全基因组重测序一般能够发现SNPs、SV、CNV、InDel等多种遗传变异，不同的变异类型，其验证方法也各不相同。

① SNPs可以通过PCR扩增包含该SNP位点的区段，并进行测序；或采用SNPs分型检测的方法验证。

② CNVs可通过Real-time PCR对存在拷贝数变异的片段进行扩增，并根据CT值估算不同个体的拷贝数变化倍数。

③ 小的SVs可通过PCR扩增和测序辨别，而大的SVs则需要通过亚显微方法发现，如FISH等。

小片段的InDel，可通过PCR扩增，利用Sanger法测序进行验证。

Q2：SNP、Indel注释的结果包含哪些必要信息？

A2：对于SNP、Indel，根据参考基因组注释信息，注释突变所在的位点，分为exonic、intronic、intergenic、3’UTR 和5’UTR等。 对于在exonic区域的SNP和small Indel位点，将会对突变位点对于蛋白翻译的影响进行注释，把SNP分为nonsynonymous（非同义突变）、synonymous（同义突变）、stopgain（翻译提前终止） 、stoploss（终止密码子缺失）等几类；Indel分为frameshift、nonframeshif、stopgain 、stoploss等。

Q3: 泛基因组和核心基因组之间的关系？

A3：泛基因组即某一个群体（通常是同属）的中所有个体基因的总和，其中全部个体都含有的基因称为核心基因组（core genome）；在部分菌株中存在的基因称为非必须基因组(dispensable genome)或者附属基因（accessary genome）。

Q4：什么是GC skew？

A4：GC skew = (G - C)/(G +C)，是用来衡量G和C相对含量的指标，如果G含量>C含量则GC skew的值为正值，反之则为负值。

在大多数细菌基因组中，前导链(leading strand)和滞后链(lagging strand)在碱基组成上存在很明显的不同，前导链富含G和T，而滞后链中的A和C更多一些。打破A=T和C=G的碱基频率发生的偏移，被称之为“AT(AT-skew)”和“GC(GC-skew)”。由于通常GC偏移比AT偏移发生的更明显，所以习惯上更多地只考虑GC偏移。

因为GC偏移在前导链中是正值而在滞后链中为负值，所以GC偏移值是前导链起点、终点以及转变成滞后链的信号，反之亦然。这使得GC偏移成为在环状染色体(circular chromosomes)中标记起点和终点的一个有用的工具。

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