SnpEff安装和下载

snpEff各个版本下载地址：
https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/

1 下载和安装：

Download latest version

wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip

# Unzip file
unzip snpEff_latest_core.zip

2 下载注释所需的数据库文件：

有两种方法，一种是使用命令下载，一种是手动下载放进文件夹
以人为例：

java -jar snpEff.jar download GRCh38.76

在你解压的软件文件夹内会有一个data的子文件夹，数据库下载在这里。

手动下载要注意的是，确保数据库版本与SnpEff版本匹配(例如，不要使用包含SnpEff 3.0的2.1数据库)。
数据库下载地址，根据你的物种下载就行。这个方法一个个查看你的物种很麻烦，可以看第三步。
https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/databases/

3 有超过20,000个数据库可用

snpEff中snpEff.config file.提供了数据库列表
可以使用这个命令看看所支持的数据库列表

java -jar snpEff.jar databases > snpEff.databases.list.txt

可支持的数据库list会保存下来，可以从这个txt文件查看，里面还有相应的物种数据库下载地址。

4 核心部分，snp注释方法及其注释后的解释

参考：https://www.jianshu.com/p/ad1ab3d7fcd0