circos 可视化手册- text 篇

不论是heatmap, 还是scatter, histogram, 反映的都是基因组上某段区域对应的value值的分布，这里的value都是数值。对于value是字符串的情况，专门定义了text这种图表类型，用于展示。

看一个text图片的实例

text在图上就是一圈的字符串标记，字符串可以添加连线，表明对应的染色体位置。

配置文件的写法如下：

首先看下file文件中的内容， 示例如下

和scatter等图表的内容完全一致，只不过第4列是字符串，不是数值。

对于text而言，由于value不是数值，所以没有max和min参数，其位置完全由r0和r1两个参数的值决定。

其他的属性可以分成以下两个部分

1. 文字的属性

对于文字，常用的属性包括以下几个

• 颜色
• 大小

• 字体

  
  

label_font定义字体；label_size定义大小；color定义文字颜色
为了清楚的展示每个laebl, 所有的label之间是不会重叠的，如果两个label距离过近，会出现重叠时，会自动堆积在一起。

有两个参数label_snuggle和max_snuggle_distance控制具体的堆积情况。示意图如下：

假设在基因组上62,000,000的位置上，有100个label。默认情况下label_snuggle = no，所有的label会依次堆积在一起，超出范围的不会显示。为了多显示label, 可以设置label_snuggle = yes, 此时可以和max_snuggle_distance参数结合使用，这个参数的值越大，可以显示的label就越多。

2. 连线的属性

默认情况下是不显示连线的，需要添加下列参数才能显示连线

show_links     = yes

对于连线，常用的属性包括以下几个

• 颜色

• 粗细

  
  

link_color定义颜色，link_thickness定义粗细。除了上述常见属性外，还有一个links_dims属性控制连线的形状。

lnks_dims的示意图如下

将连续分成了d1到d5共5个部分，决定的连线的形状，用法如下

link_dims      = 0p,0p,70p,0p,10p

最后需要注意的一点，就是rules的用法, 示例如下

由于value的值是一个字符串，所以使用的是perl中的字符串操作符，eq用于判断两个字符串相等，perl中的其他的字符串操作符也可以使用。

还可以使用正则表达式，示例如下

和perl中的语法是完全一样的。

对于label的字体，有一个很特殊的取值

label_font = glyph

这种情况下，可以结合rules设置对应的value，此时不再显示字符串，而是显示对应的形状，不同value 和 形状之间的对应关系如下

取值范围为a-o,区分大小写，大写表示实心的点，小写表示空心的点。

示例如下：

生成的图片如下：

虽然图表类型type = text, 但是图上确没有文字标识的label， 而是由不同形状的点构成，点的形状由rules定义。