每日文献：2018-01-25

原文标题：APAtrap: identification and quantification of alternative polyadenylation sites from RNA-seq data
工具网址：https://sourceforge.net/projects/apatrap/

可变多聚腺苷酸 (APA)逐渐地被认为在转录组多样性和基因表达调控中起到重要的作用。而目前RNA-seq数据又是特别的多，所以能够使用新的计算方法从中提取和定量APA动态变化就特别的赞了。当然目前这个领域的研究还不是特别的多，并且传统的方法要么依赖于转录本组装来确定转录本的3'端或者是依赖于注释的poly(A)为主。而且他们要么在一个基因中找不到多于2个poly(A)，要么在多于2个poly(A)时发现不了动态的APA使用。于是作者基于均方差模型开发出APAtrap从RNA-Seq数据找到APA位点并且进行定量。

原文标题：Primer3_masker: integrating masking of template sequence with primer design software
工具网址：https://github.com/bioinfo-ut/primer3_masker/，https://github.com/primer3-org/primer3/

设计PCR引物对基因组的某个区域进行扩增基本上是每个要做湿实验的人必做的事情。由于真核基因组存在大量的重复区和不太稳定的区域，所以设计起来还是比较麻烦的。作者开发了一个新的基于k-mer的工具，通过统计学方法在引物设计之前对DNA模板先过滤掉那些容易出错的地方。这个工具他们称之为 primer3_masker, 已经加入Primer3豪华套餐。