乳腺癌中基因JAK1作为预后标志物并且和免疫浸润相关分析

今天跟大家分享的是十一月份发表在Aging (Albany NY)杂志上的一篇文章，这是一篇关于JAK1基因表达与肿瘤预后以及免疫浸润关系的研究。

JAK1 as a prognostic marker and its correlation with immune infiltrates in breast cancer

乳腺癌中基因JAK1作为预后标志物并且和免疫浸润相关分析

结果

1. JAK1的表达水平

首先利用Oncomine数据库展示JAK1在不同乳腺癌数据集中的基因表达，结果发现JAK1在一个数据集中上调，6个数据集中下调（图1A）。且JAK1的基因表达在多种癌症中差异下调，例如膀胱癌、胃癌、肺癌等（图1B）。且在TCGA的BRCA数据集中显著下调（图1B）。

 图1.JAK1在泛癌中的表达

2. JAK1与乳腺癌预后

利用PrognoScan工具评估JAK1与生存之间的联系，八个不同的数据集中(GSE6532-GPL570, GSE9195, GSE12093, GSE11121, GSE9893, GSE1456-GPL96, GSE3494-GPL96, GSE7390)，均发现高表达JAK1的样本有着较好的预后（表1）。

 表1. JAK1表达在不同数据集中与生存的联系

在不同的GEO数据集中，KM曲线均显示高表达的JAK1有更好的预后（图2A-C），且针对于TCGA乳腺癌和不同分期的乳腺癌中，高表达的JAK1样本均预后较好（图2D-F）。

 图2.JAK1表达与生存的联系

3. JAK1表达与乳腺癌临床病理特征的相关性

将JAK1的表达与肿瘤的临床病理特征做相关分析发现，JAK1的表达与肿瘤大小(P= 0.001)，淋巴结状态(P= 0.001)，TNM分期均显著相关(P= 0.001)，而与年龄、激素受体状态均不相关（表2）。

 表2. JAK2与临床病理信息的相关性

4. JAK1 mRNA水平与肿瘤浸润淋巴细胞相关

LYM（lymphocyte-specific immune recruitment）是和免疫浸润相关的基因，发现JAK1与LYM的表达呈现出正相关性（图3A）。且若按照TIL（tumor infiltrating lymphocytes）将病人分为三组，发现不同组内的JAK表达水平显著差异（图3B），低的TIL相对应JAK1的表达相对较低。

 图3. A)JAK1与LYM表达相关性，B) 三组之间JAK1表达水平

5. JAK1表达与6种浸润免疫细胞的相关性分析

接着计算JAK1与6种免疫细胞比例的相关性（(B cells, CD4 T cells, CD8+,T cells, neutrophils, macrophages, and dendritic cells），结果发现JAK1的表达与6种免疫细胞均显著正相关（图4A）。然而对于乳腺癌不同的亚型，例如basal和luminal亚型均是显著的，而HER2+不太显著，可能由于肿瘤纯度原因需要后续验证。

 图4. JAK1与免疫细胞比例相关性. A) 乳腺癌以及不同亚型 B) basal, C) HER2+ D) luminal中JAK1与免疫浸润的相关性

总结

总而言之，该研究为剖析JAK1在肿瘤免疫学中的潜在作用以及与预后关联提供了一定的研究。发现JAK1的表达与乳腺癌的预后和免疫浸润水平相关，且表明JAK1的表达可以作为乳腺癌的预后生物标志物。