生物信息学基础知识（一）

基本类型及测序技术

一、类型

1、核苷酸序列数据

DNA：ATCG

RNA：AUCG

2、蛋白序列

20种氨基酸排列的顺序

3、其他

（1）分子标记数据

（2）生物芯片数据

（3）生物表型数据

二、测序技术

1、一代测序

主要是sanger法

2、二代测序

illumina

MGI

还有其他用的不多的方法

3、三代测序

pacbio

nanopore

常用数据库

一、基因序列数据库

GeneBank

EMBL

DDBJ

RefSeq

GDB

二、蛋白数据库

Uniprot

TrEMBL

swiss-prot

iProClass

PIR

PDB

SCOP

CATH

InterPro

三、疾病相关数据库

OMIM

HGMD

ClinVar

HGVA

HGVS

ExAC

HGBASE

常用数据类型

一、fasta

第一部分以">"开头，包括id、序列描述等内容

第二部分为序列

二、fastq

第一部分以"@"开头，包括id、序列描述等内容

第二部分为序列

第三部分为"+"开头，描述信息

第四部分为质量值

三、gff/gft

基因注释文件，包括染色体、基因、位点、转录本、CDS等描述信息

四、sam/bam

比对后生成的文件，主要描述比对的信息

五、bed

主要来描述注释信息

六、wig

主要是描述覆盖深度和测序深度