Linux系统安装conda，镜像设置，环境变量

1，我们现在学习Linux系统，首先得有个服务器的账号，这个要看自己的学校里面有没有专门做生信的课题组问问，或者去淘宝买，或者去那个组学大讲堂公众号里面有服务器租借的（没广告），租个好点的服务器，价格估计5000-10000半年不等的价格，能处理一些转录组等大数据，也可以做WGCNA等其他的大数据分析。连接服务器我用MobaXterm。另外一些Linux基础，如创建文件和文件夹等，就不说了。我们来看看在拥有服务器账号后，如何安装conda，conda是一个应用商店，可以通过这个软件来安装各种生信软件，并设置镜像和环境变量。

2，首先进入一个文件夹，这个文件夹所分配的存储空间一定要大

cd /data/username/

3，在该文件夹中，下载Miniconda，下载命令：

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

4，安装，安装的过程中，按enter继续和看协议，这个是强制让你看协议的，看完就打yes

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

5，打完yes，在这里注意下，说按enter就是默认的地址，我们可以自己设置好路径，给它个文件夹，就确定吧：

6， 最后打yes，然后退出服务器并重新进入，进入系统后检查是否安装，有东西出来就行，该步骤使用命令：

conda -h

7，我们设置镜像，设置镜像的目的，是有时候下载一些软件，需要访问国外的网站，镜像网站可以帮助我们更好地进行工作。首先，查看conda目前的镜像，命令：

conda config --show

 8，目前显示的是默认镜像，我们添加清华或北大的镜像，命令：

conda config --add channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

9，再按命令“conda config --show”可以再查看当前的镜像。

10，我们现在设置环境变量，这个操作可以使我们在任何文件目录下使用conda命令，不必进入bin文件夹中使用软件，为以后使用conda安装软件提供便利。首先在home下查看当前的环境变量：

cat .bashrc

10.1，编辑环境变量：

vim .bashrc

10.2，点“a”进入编辑状态

a

10.3，将路径替换成自己miniconda里面的bin文件夹

export PATH=/data/username/miniconda3/bin/:$PATH

10.4，点一下"Esc"键退出，并打":wq"进行保存和退出，如图

:wq

 10.5，再次用命令"cat .bashrc"查看环境变量

11，完事了，我们就可以用conda安装软件了，先试试fastp软件，命令：

conda install fastp

11.1，然后看看fastp能不能用，命令，有东西出来就行：

fastp -h

11.2，我们使用conda安装软件的时候，可以在这个网站查看conda安装的命令

https://anaconda.org/

11.3，如查看fastqc这个软件的安装命令

11.4，进去，找到fastqc，再点进去，可以看见安装命令。大部分的软件都可以用conda下载的。