利用Python实现“全部替换”功能

  本文编写了一个函数replace_all()，该函数有三个参数，file_name、be_replaced和new，分别对应着传入的文件，要替换的字符串，替换后的字符串。该函数可以将原文本中被替换掉的字符串全部变成替换后的新字符串，并保存到一个新的文本中，简言之，就是Word的全部替换。

  比如，利用CRISPR-Cas9改变目标基因时，我想知道剪切后的序列信息，就可以将保存着原始序列信息的fasta文件，剪切掉的序列，替换上的序列依次输入，得到命名为’replaced.fasta’的结果文件。

def replace_all(file_name,be_relaced,new):
    f_read=open(file_name,'r')
    seq=0
    count=0
    content=[]
    for each_line in f_read:
        if each_line[:1]=='>':
            seq+=1
            content.append(each_line)
        else:
            if be_relaced in each_line:
                count+=each_line.count(be_relaced)
                each_line=each_line.replace(be_relaced,new)
                content.append(each_line)
    decide=input(f"There are {seq} sequences and {count} {be_relaced},do you want to replace all to {new}?\n"
                 f"[Yes/No]:")
    if decide in ['Yes','yes','YES']:
        f_write=open('replaced.fasta','w')
        f_write.writelines(content)
        f_write.close()
    f_read.close()
file_name=input("Please enter the file name:")
be_replaced=input("Please enter the sequence to be replaced:")
new=input("Please enter the new sequence:")
replace_all(file_name,be_replaced,new)

具体运行如下所示：

原文件内容：

>td
ATGAAATTTTGATTTTTTTCTACAAATCATAAATATATTGGTATTTTGTACTTTATTTTTGGAATATGAGCAGGAATTGTTGGTTTATCAATAAGAATAATTATTCGATTAGAGTTAGGAAATCCTGGTTCTTTAATTGGTAATGATCAAATTTATAATTCTATTGTAACTAGACATGCTTTTTTAATAATTTTTTTTTTTGTTATACCTGTAATAATAGGAGGTTTTGGAAATTATTTGATTCCTTTAATGTTAGGGAGGCCTGATATGGCTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCAAGATTAATATTATTGTTATCAAGAATATTTATTGGTACTGGTACTGGTACAGGTTGAACTGTTTATCCTCCTTTATCTTCTAATTTATCTCATAGGGGTCCTTCAGTTGATTTATCAATTTTTTCTTTACATATTGCTGGGGTTTCATCAATTATAGGCTCAATTAATTTTATTACAACAATTTTAAATATAAAAATTTATAAAATTGAATTAATTTCTTTATTTTCTTGAGCTATATTATTAACAGCAATTTTATTATTATTGTCTTTACCAGTTTTAGCAGGGGCAATTACTATATTATTATTTGATCGAAATTTAAATACTTCATTTTTTGATCCTTCTGGGGGTGGTGATCCTATTTTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCTGAAGTTTATATTTTAATTTTACCTGGATTTGGTTTAATTTCTCATATAATTTGTAATGAAAGAAAAAAAAAAGAAACTTTTGGAAGTATAGGAATAATTTATGCAATAATTTCTATTGGTTTATTAGGTTTTATTGTTTGGGCTCATCATATATTTACTGTTGGAATAGATGTAGATACTCGTGCTTATTTTACTTCTGCTACAATAATTATTGCTGTACCTACTGGAATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTATAAATGGGATAAAAATTAAGTTTTCTGTAGTTAATTTATGACTTTTAGGATTTATTTTTTTATTTACTATTGGAGGTTTAACAGGAATTATTTTATCAAATTCTTCTATTGATATTGTTTTACATGATACTTATTATGTGGTAGCTCATTTTCATTATGTTTTATCTATAGGAGCAGTATTTGCTATTTTTGGAAGTTTTATTTATTGGTATCCTTTATTTACTGGTTTAACAATAAATCAATATTGATTAAAAATTCAATTTTTTTTAATATTTTTTGGGGTTAATATAACTTTTTTTCCTCAACATTTTTTAGGATTAAGAGGTATACCTCGTCGATATTCTGATTATCCTGATTCTTATTTATGTTGAAATATAATTTCTTCAATTGGTTCTTTAGTAACATTATTGAGAACATTTTATTTTTTTTTTATTTTATGGGAATCAATTGTTTCTCGACGAATTTTAATTTTTATAAATAATAATAATAGTTCAATTGAATGATTAATAACTTTTCCATTAAACAATCATACTTTTTATGAAATTCCAAAAGTGTTTAAATTAAAT
>tj
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替换后文件内容：

>td
ATGAAATCGTGATCGTTTTCTACAAATCATAAATATATTGGTATCGTGTACTTTATCGTTGGAATATGAGCAGGAATTGTTGGTTTATCAATAAGAATAATTATTCGATTAGAGTTAGGAAATCCTGGTTCTTTAATTGGTAATGATCAAATCGATAATTCTATTGTAACTAGACATGCTTTTTTAATAATCGTTTTTTTTGTTATACCTGTAATAATAGGAGGTTTTGGAAATTATCGGATTCCTTTAATGTTAGGGAGGCCTGATATGGCTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGATCGTGATTATTACCTCCAAGATTAATATTATTGTTATCAAGAATATCGATTGGTACTGGTACTGGTACAGGTTGAACTGTTTATCCTCCTTTATCTTCTAATCGATCTCATAGGGGTCCTTCAGTTGATCGATCAATCGTTTCTTTACATATTGCTGGGGTTTCATCAATTATAGGCTCAATTAATCGTATTACAACAATCGTAAATATAAAAATCGATAAAATTGAATTAATCGCTTTATCGTCTTGAGCTATATTATTAACAGCAATCGTATTATTATTGTCTTTACCAGTTTTAGCAGGGGCAATTACTATATTATTATCGGATCGAAATCGAAATACTTCATCGTTTGATCCTTCTGGGGGTGGTGATCCTATCGTATATCAACATCGATCGTGGTTTTTTGGTCATCCTGAAGTTTATATCGTAATCGTACCTGGATCGGGTTTAATCGCTCATATAATCGGTAATGAAAGAAAAAAAAAAGAAACTTTTGGAAGTATAGGAATAATCGATGCAATAATCGCTATTGGTTTATTAGGTTTTATTGTTTGGGCTCATCATATATCGACTGTTGGAATAGATGTAGATACTCGTGCTTATCGTACTTCTGCTACAATAATTATTGCTGTACCTACTGGAATTAAAATCGTTAGTTGGTTAGCTACTATAAATGGGATAAAAATTAAGTTTTCTGTAGTTAATCGATGACTTTTAGGATCGATCGTTTTATCGACTATTGGAGGTTTAACAGGAATTATCGTATCAAATTCTTCTATTGATATTGTTTTACATGATACTTATTATGTGGTAGCTCATCGTCATTATGTTTTATCTATAGGAGCAGTATCGGCTATCGTTGGAAGTTTTATCGATTGGTATCCTTTATCGACTGGTTTAACAATAAATCAATATTGATTAAAAATTCAATCGTTTTTAATATCGTTTGGGGTTAATATAACTTTTTTTCCTCAACATCGTTTAGGATTAAGAGGTATACCTCGTCGATATTCTGATTATCCTGATTCTTATCGATGTTGAAATATAATCGCTTCAATTGGTTCTTTAGTAACATTATTGAGAACATCGTATCGTTTTTTTATCGTATGGGAATCAATTGTTTCTCGACGAATCGTAATCGTTATAAATAATAATAATAGTTCAATTGAATGATTAATAACTTTTCCATTAAACAATCATACTTTTTATGAAATTCCAAAAGTGTTTAAATTAAAT
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