微生物实验之分菌（细菌）

分离细菌菌株 (分菌) 是微生物学实验中，很重要的一环，对于微生物资源来说尤为重要。分菌主要包含以下几个步骤：

1. 采集实验样本
2. 对实验样本进行处理
3. 接种
4. 分离纯化
5. 测16s
6. 测全基因组
7. 保藏菌株

1. 采集实验样本

选取合适的样本，比如说土壤细菌，植物内生菌，海水等。（样本中含有你关注的微生物）

2. 对实验样本进行处理

1. 土壤样本的处理

培养的温度取决于你要分离的菌株的生长状况。

2. 植物内生菌样本的处理

培养的温度取决于你要分离的菌株的生长状况。

其他样本的处理根据具体情况具体分析。

3. 接种

将处理好的样品涂在灭菌好的培养平板上。
一般来说，每次实验样本要接种5种平板 (比如说，NA, R2A, TSA, 等等，具体接种的平板根据个人需要不同），每个平板需要3个重复。

4. 分离纯化

1. 接种完2-3天之后就可以分批次的挑选出在原始平板上长出的菌落，将菌体再次接种到新的平板上 (一般来说，刚开始第一次接，平板可以采用十字划线，一个平板接4个，比较省平板)。
2. 第一次分离之后2-3天，在十字平板上再次挑选菌落接种，培养单菌落。

5. 测16s

挑选纯化后的菌，进行16s测序。
送测前处理：

1. chelex裂解，使细菌裂解，释放核酸
   取少量菌体用chelex裂解，然后离心（12000r，5min），取上清。
2. pcr扩增
   一般我们都是配置的扩增的体系。
   
   pcr仪器参数（高温变性，低温退火，中温延伸）设置：（具体视情况而定）
   

6. 测全基因组

7. 保藏菌株