superheat | 超级简单的热图绘制解决方案！~（手把手教学~）（一）
1写在前面
画热图一直是一件既简单又复杂的事情，想画个普通的热图还是挺简单的，但是复杂热图就要费事的多了。
之前一直使用的complexheatmap，还是比较好用的，但是最近发现了一个更简单的解决方案，superheat。
详细介绍下这个包吧，大家用起来哦。
今天的BGM是Shane Nicholson的Summer Dress，夏日快乐，各位！~♂️
2用到的包
# devtools::install_github("rlbarter/superheat")
library(superheat)
library(tidyverse)
3示例数据
data("mtcars")
DT::datatable(mtcars)
4基础绘图
superheat(mtcars,
# labels 参数
left.label.size = 0.4,
bottom.label.size = 0.1,
# scale 参数
scale = T)
5对行和列进行排序
5.1 自动排序
需要注意的是，当当矩阵有缺失值时，可能会出现错误。
superheat(mtcars,
pretty.order.rows = T,
pretty.order.cols = T,
scale = T)
5.2 指定列或行的顺序
这里我们试着制定行按照示例数据中的mpg排列。
superheat(mtcars,
order.rows = order(mtcars$mpg),
scale = T)
6配色
在supherheat中，默认配色是viridis，我个人觉得还是蛮不错的。
6.1 配色示例一
我们试试red主题。
superheat(mtcars,
scale = T,
heat.col.scheme = "red")
6.2 配色示例二
我们试着调一下经典低中高三色配色吧。
superheat(mtcars,
scale = T,
heat.pal = c("#b35806", "white", "#542788"))
6.3 颜色限制
这里可以使用heat.lim参数定义颜色图的最小值和最大值。
比如说，如果我只想显示从-1到2的值，那么我会设置heat.lim = c(-1, 2)。
这样的话范围之外的每个值都将显示为缺失。
superheat(mtcars,
scale = T,
heat.lim = c(-1, 2))
6.4 极值的处理
如果希望将heat.lim范围之外的值显示为范围内的最大/最小颜色（而不是作为NA），那么可以指定参数extreme.values.na = FALSE。
superheat(mtcars,
scale = T,
heat.lim = c(-1, 2),
extreme.values.na = F)
7缺失值颜色
7.1 制造NA
mtcars.missing <- mtcars
mtcars.missing[sample(1:nrow(mtcars), 5),
sample(1:ncol(mtcars), 5)] <- NA
7.2 更改NA颜色
我们试着把缺失值改成白色。
superheat(mtcars.missing,
scale = T,
heat.na.col = "white")
点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰
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