superheat | 超级简单的热图绘制解决方案！~（手把手教学~）（一）

1写在前面

画热图一直是一件既简单又复杂的事情，想画个普通的热图还是挺简单的，但是复杂热图就要费事的多了。

之前一直使用的complexheatmap，还是比较好用的，但是最近发现了一个更简单的解决方案，superheat。

详细介绍下这个包吧，大家用起来哦。

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今天的BGM是Shane Nicholson的Summer Dress，夏日快乐，各位！~‍♂️

2用到的包

# devtools::install_github("rlbarter/superheat")
library(superheat)
library(tidyverse)		

3示例数据

data("mtcars")

DT::datatable(mtcars)

4基础绘图

superheat(mtcars, 
          # labels 参数
          left.label.size = 0.4,
          bottom.label.size = 0.1,
          # scale 参数
          scale = T)

5对行和列进行排序

5.1 自动排序

需要注意的是，当当矩阵有缺失值时，可能会出现错误。

superheat(mtcars,
          pretty.order.rows = T,
          pretty.order.cols = T,
          scale = T)

---

5.2 指定列或行的顺序

这里我们试着制定行按照示例数据中的mpg排列。

superheat(mtcars,
          order.rows = order(mtcars$mpg),
          scale = T)

6配色

在supherheat中，默认配色是viridis，我个人觉得还是蛮不错的。

6.1 配色示例一

我们试试red主题。

superheat(mtcars,
          scale = T,
          heat.col.scheme = "red")

---

6.2 配色示例二

我们试着调一下经典低中高三色配色吧。

superheat(mtcars,
          scale = T,
          heat.pal = c("#b35806", "white", "#542788"))

---

6.3 颜色限制

这里可以使用heat.lim参数定义颜色图的最小值和最大值。

比如说，如果我只想显示从-1到2的值，那么我会设置heat.lim = c(-1, 2)。

这样的话范围之外的每个值都将显示为缺失。

superheat(mtcars,
          scale = T,
          heat.lim = c(-1, 2))

---

6.4 极值的处理

如果希望将heat.lim范围之外的值显示为范围内的最大/最小颜色（而不是作为NA），那么可以指定参数extreme.values.na = FALSE。

superheat(mtcars,
          scale = T,
          heat.lim = c(-1, 2),
          extreme.values.na = F)

7缺失值颜色

7.1 制造NA

mtcars.missing <- mtcars
mtcars.missing[sample(1:nrow(mtcars), 5),
               sample(1:ncol(mtcars), 5)] <- NA

---

7.2 更改NA颜色

我们试着把缺失值改成白色。

superheat(mtcars.missing,
          scale = T,
          heat.na.col = "white")

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最后祝大家早日不卷!~

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点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

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