新药研发存在周期长、费用高和成功率低等特点,人工智能作为药物研发领域的一个热点方向,已被应用到药物研发的各个阶段,医药领域对人工智能技术越来越重视,目前人工智能技术在药物研发中的应用主要表现为七个场景,分别是:靶点药物研发、候选药物挖掘、化合物筛选、预测ADMET性质、药物晶型预测、辅助病理生物学研究和发掘药物新适应症,人工智能可以直接为新药的研发做出贡献,AI+药物研发与传统模式相比,时间和成本优势明显。AI+药物研发的结合必然是未来制药行业的发展趋势,对医药领域进行一场巨大的革命,让医药行业迎来新时, 随着新冠疫情的爆发,国内外医药从业人员纷纷涉足AI人工智能,国内多个科研院所高校企业单位更是创立多个人工智能药物研究所,投入巨额资金
由于国内AI人工智能药物研究发展缓慢,学习平台文献资料较少,培训学习迫在眉睫,应广大科研人员要求,本单位经过数月调研,决定联合人工智能医药研究专家举办“AI Drug Discovery & Design人工智能药物发现与设计”专题培训班, 本单位已经举办四期专题培训,参会人员达200余人,对于培训安排和培训质量一致评价极高
培训对象
全国各大高校、企业、科研院所从事人工智能、生命科学、蛋白质、药物、微生物制药、生物信息学、植物学,动物学、农药学、化学化工,医学等研究的科研人员以及人工智能爱好者
培训目标
让学员能够掌握人工智能在药物研究中的应用背景与流程,以及机器学习,深度学习、计算机辅助药物设计等操作技能,独自完成自己的课题研究项目
培训特色
主讲老师来自国内高校,中科院等专家授课,老师主要擅长深度学习、机器学习、医学信息统计、计算机辅助药物设计、人工智能药物发现、分子对接、分子动力学等方面的研究
课表内容
AI Drug Discovery & Design人工智能药物发现与设计专题培训课表
第一天
药物发现与设计和临床试验的关系
1.1 药物发现与新药研发流程;
1.2 临床前研发与临床研发的区别;
1.3 FDA批准新药的历史与展望;
物发现与设计的发展史
2.1 计算机发展史;
2.2 人工智能发展史;
2.3 计算机辅助药物设计发展史;
药物发现与设计相关软件介绍与安装
3.1 商业药物设计软件介绍。
3.2 开源药物设计软件介绍与安装。
3.3 Python编程在药物发现与设计中的应用介绍;
药物发现与设计的基本原理
4.1 基于结构的药物发现与设计;
4.2 基于配体的药物发现与设计;
4.3 基于片段的药物发现与设计;
Python爬虫编程基础与实战演练:
5.1 python常见爬虫模块与框架介绍urllib, requests, lxml, selenium,scrapy;
5.2 Python爬虫应用实战—爬取ZINC数据库化合物结构;
5.3 Python爬虫应用实战—小分子化合物活性数据收集;
第二天
靶点蛋白与化合物数据库构建
6.1 靶点蛋白数据库介绍与构建;
6.2 多肽化合物数据库构建;
6.3 小分子化合物数据库构建;
靶点蛋白与化合物数据处理
7.1 靶点蛋白活性位点分析;
7.2 小分子化合物格式转换(smiles, sdf, mol2, pdbqt);
7.3 小分子化合物理化性质与分子描述符衍生计算;
小分子化合物数据统计分析
8.1 小分子化合物分子描述符聚类分析;
8.2 小分子化合物分子描述符主成分分析;
8.3 小分子化合物特征选择;
第三天
Pymol蛋白结构软件——从安装到精通
1.Pymol的安装(windows版本)
2.蛋白结构展示
3.蛋白-小分子相互作用展示
4.蛋白-小分子对接动画
5.氨基酸修饰
6.计算小分子5A以内氨基酸
7.MOLMOL画二硫键
8.SPDBV
同源建模
1 同源建模的功能及使用场景
2 同源建模的方法
3.同源蛋白的搜索
4.实例讲解与练习SWISS-MODEL做同源建模
5.有同源序列——modeller 同源建模:
6.modeller实操
7.无同源序列——I-TASSER
8.模型评价(蛋白拉曼图)
第四天
基于配体的药物发现与设计方法
9.1 逻辑回归算法理论介绍与实例演示;
9.2 朴素贝叶斯算法介绍与实例演示;
9.3 KNN算法介绍与实例演示;
9.4 支持向量机算法介绍与实例演示;
9.5 决策树算法介绍与实例演示;
9.6 随机森林算法介绍与实例演示;
9.7 梯度提升树算法以及XGBOOST介绍与实例演示;
第五天
AutoDock Vina 分子对接案例实操
10.1 靶点蛋白晶体蛋白PDB获取;
10.2 靶点蛋白和小分子的格式转化;
10.3 靶点蛋白对接活性位点的寻找;
10.4 分子对接脚本的编写与演示;
10.5 分子对接结果在PyMOL中的结果展示与解读;
10.6 运用Autodock vina进行小分子化合物药物批量筛选;
药物发现与设计的基本原理
11.1 靶点蛋白的收集;
11.2 靶点蛋白的预处理;
11.3 靶点蛋白对接活性位点分析;
11.4 蛋白-蛋白生物大分子对接;
药物发现与设计的基本原理
12.1 多肽的预处理;
12.2 靶点蛋白的预处理;
12.3 靶点蛋白对接活性位点分析;
12.4 蛋白-多肽分子对接;
第六天
分子动力学案例演示
13.1 Linux Ubuntu16.04系统的安装介绍与实操;
13.2 Amber软件的安装实操;
13.3 利用Autodock对小分子进行对接;
13.4 分子动力学全过程讲解与实操实现;
蛋白晶体的准备 小分子化合物的准备 分子对接实操 利用ACPYPE对小分子进行处理生产力场或拓扑文件 蛋白与小分子复合物的准备 能量最小化 对复合物体系进行加热压 分子动力学过程 分子动力学结果展示与解读
第七天
Python基础与进阶
14.Python基础与进阶
14.1 Python基本数据结构列表,集合,元组,字典, pandas, numpy, matplotlib的应用;
14.2 Python 面向对象编程(类与对象);
15.运用深度学习方法预测临床前潜在有活性或有毒性的药物(针对药物的有效性与安全性)
15.1 常见深度学习框架tensorflow, pytorch等介绍与应 用;
15.2 运用Python爬虫技术收集小分子化合物数据;
15.3 运用药物设计软件或在线开源工具计算小分子的理化 属性;
15.4 运用Python对小分子化合物数据集进行处理;
15.5 运用python建立机器学习模型与XGBoost模型等;
15.6 运用python对结果生成论文报表;
15.7 运用python对结果可视化分析;
15.8 图卷积网路在药物化学分子中的应用案例介绍与实操;
15.9 生成式对抗网络与AlphaFold在药物发现与设计方面的应用;
课外增值福利(赠送AlphaFpld2培训视频,此内容不做讲解,有录制好的精品视频)
AlphaFold2蛋白结构预测
蛋白质结构与功能的概述。
蛋白质的组成
蛋白质的结构
蛋白质的功能
常见蛋白质结构预测的网站及方法。
常用蛋白质结构预测的相关网站及软件
常用网站及软件的使用方法及说明
机器学习在蛋白质结构预测的应用。
蛋白质结构与小分子药物库获取
机器学习加速预测小分子药物
AlphaFold2机器学习模型对蛋白结构预测
实战蛋白结构预测目前最好的人工智能模型AlphaFold2。
AlphaFold2模型的获取及安装
AlphaFold2相关数据的获取
AlphaFold2模型的实战操作
部分案例图片
授课时间地点
2021.12.11-2021.12.12
(9:00-11:30)---(13:30-17:00)
线上实操
2021.12.14-2021.12.15
(19:00-22:00)
线上实操
2021.12.16-2021.12.17
(19:00-22:00)
线上实操
2021.12.18-2021.12.19
(9:00-11:30)---(13:30-17:00)
线上实操
2021.12.23-2021.12.24
(19:00-22:00)
线上实操
(长达七天的培训内容 干货满满 上机实操)
报名费用
每人¥5880元 (含报名费,培训费、资料费)
优惠一:报名两人及以上每人可享受400元优惠
优惠二:提前报名缴费学员+转发到朋友圈或者到学术交流群可享受每人300元优惠(仅限15名)
优惠三:报名5人以上包含5人,免费赠送一个培训名额
报名费用可开具正规报销发票及提供相关缴费证明、邀请函,可提前开具报销发票、文件用于费用报销
培训福利
报名缴费成功赠送人工智能Python精品视频及常见药物设计软件安装指导视频,CADD药物设计精品教程课件、参加本次课程的学员可免费再参加一次本单位后期组织的“人工智能药物发现与设计”专题培训班(任意一期都可以)
授课方式
授课方式及学员反馈
通过腾讯会议线上直播,培训采取开麦共享屏幕和微信群解疑,学员和老师交流、学员与学员交流,培训完毕后老师长期解疑,往期培训学员对于培训质量和授课方式一致评价极高
(一)科研问题老师会一一解答
(二)学员对培训非常认可,而且我们保证二次学习是免费的
往期学员参会单位及报名流程
有来自四川大学、中科院大学 、上海交通大学、中国人民解放军海军军医大学、江南大学、中国农业大学、浙江大学、国防科技大学、江苏海洋大学、中国医学科学院、中南大学湘雅医院、中国药科大学、协和药物研究所、中国农业科学院基因组研究所、广州中医药大学、北京中医药大学、北京大学、武汉大学、香港大学、山东中医药大学、宁波大学、山东大学、甘肃中医药大学、医学院附属仁济医院、广州医科大学附属肿瘤医院、中山大学中山眼科中心、华中农业大学、汕头大学、扬州大学、上海应用技术大学、中国科学院深圳先进技术研究院、上海中医药大学、国科大杭州高等研究院、美国贝勒医学院等高校,康希诺生物股份公司、青峰制药、江苏恒瑞、上海青玄生物、石药集团、正大天晴、宜昌人福药业有限责任公司、江苏中旗科技有限公司、长春金赛药业有限责任公司、苏州浦合医药科技有限公司、兰晟生物医药(苏州)有限公司、北京安必奇生物科技有限公司、国家纳米科学中心、四川国康药业有限公司、南通药明康德医药科技有限公司、南京沛微生物科技有限公司、浙江海正股份有限公司等公司的二百余名工程师老师学生参会,还有许多因为时间冲突没法参加。这次,我们诚挚邀请您来参加!
报名咨询请二维码扫描下方微信
引用往期参会学员的一句话:
发现真的是脚踏实地的同时 需要偶尔仰望星空
非常感谢各位对我们培训的认可! 祝愿各位心想事成!
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