当得知孝公病重的消息时，商鞅写了一封急信寄往商地，告知亲眷可尽早安置，准备逃亡。而他仍日日处理机务，好似并未察觉风暴即将到来。
赵良闻讯拜见。商君素闻其贤，引而拜之，问道：“以君之贤，怎样评价我治秦国的这番功绩？”
赵良说：“虞舜有言：自省是一件高尚的事。商君若可借此言内省，便不用询问在下了。”
商鞅说：“以前，秦遵循蛮夷教化，伦理不常，灾暴多有。如今我更其教化，重整纲常，改陋习而推行法令，正本清源，使秦民懂礼教、知伦常，不亚于鲁卫之民，这难道不能算是功绩吗？”
赵良叹息道：“施威不如恩，民以恐惧而服商君之法，奈何无一人敢于直言请谏。我愿终日奉承商君您而自保，商君以为如何？”
商君上前扶起赵良，说道：“鞅素闻良药苦而忠言逆，愿以君之言为我之药也。”
赵良这才坦言：“昔缪公时期，五羖大夫以恩德训民，劳不坐乘，暑不张盖，及其死，则举国哀涕。而商君您借宠臣推荐而拜谒孝公，说以霸道，而施威百姓，使民不得不从；处刑于太子，散播恐怖于天下，遂得以变法，获封商地，富甲天下。以商君之富，较之于五羖大夫之俭，无异于云泥之别；以商君之威，较之于五羖大夫之德，则人心所向明也。”
商君笑言：“然而以缪公之国，比之今日，又如何呢？”
“今之秦国，强于缪公之时多矣。”
商君道：“天下谋臣无数，流浪于各国之间，所为者无非功名。我在魏时，梁惠王眼拙无识，我方才奔走至秦。数年间，我变法使政治清明，国富民强；收魏国河西之地益秦，使秦称霸于天下，此番功绩，非孝公与我不可做到。国家昌盛，我之所愿也，商鞅之名与秦国之强盛同在，我得商地之封，岂非各得其所？”
赵良叹道：“商君您的功绩天下皆知，然而积威过重，必会反噬自身。如今孝公病重，还望商君多多为自己考虑，归还商地之封，冲谦自牧，功成身退，或可善终。”
商君长叹流涕，坦言道：“良言也，鞅何尝不知。我主孝公辞世，我必不能苟活。为行法度，我两度施刑太子，又广受贵族诽谤，此间积怨甚深，恐怕连我亲族也无法幸免。然而，孝公信我用我，知遇之恩不可不报。我曾与孝公推心置腹，确信变法强秦，万世之功业也。既修功业于万世，岂可因此身之危亡而半途废止？我不忍看到数年之功毁于一旦啊。”
赵良拱手作揖，拜别道：“商君既知此，则无复赵良多言，愿君保重。”
商君继续代孝公治国，以法令严明、冷酷不阿著称，秦国上下莫不慑服。但商鞅心如明镜，他知道骇然的风暴正在酝酿，而身处风暴中心的他，时间已经不多了。想到这里，他不得不加快了计划。
与赵良拜别后五月，孝公病重，密召商君议事。
孝公问道：“吾命不久矣，我之后，秦国霸业能有人承继乎？”
商鞅低首：“公之圣明为鞅仅见，太子不及。自古以来，守业之难更胜创业，我愿为公守业，以待贤君。”
孝公又问：“传位于汝，可乎？”
商鞅跪拜说道：“臣惶恐。鞅出生布衣，承公之恩信，才得此功业！您信任我，在病重时放权于我，此孝公鸿恩也，我怎敢不为秦国肝脑涂地？我愿像辅佐您一样辅佐太子，以延续秦之强大。”
孝公宽慰颔首，与商鞅谈至深夜，无人知道他们谈到些什么。就在此番谈话后不久，孝公病逝，太子即位，是为秦惠文王。
商鞅将权利归还秦王，自此闭门不出，不问政事。常有贤士登门拜访，商鞅从不推辞。不久，公子虔联合利益受损的贵族一同上书惠文王，言商君自恃功高，欲将谋反，商鞅得此消息无奈奔走，扮为平民，逃亡于市井之间。
商鞅行走于世间，发现人民家不闭户，道不拾遗，明不妄取，法令清明，无人敢于触犯。与此同时，商君之名无人不知，世提及莫不面生骇色。及至通缉令放出，百姓亦不敢妄论。商鞅把这一切看在眼里，深感秦法已渐渐被人接受，成为了生活准则。
及夜，商君逃至边界，饥渴劳累，想要借宿于客栈，掌柜问道：
“客远来，可有带身份凭证呢？”
商鞅没带，他突然记起自己在法令里有着明确规定。
“非常抱歉，商君明令规定，不携带身份凭证者不可留宿，否则就要被治罪。我等不敢犯商君之法。”掌柜无奈拱手道歉。
商鞅假意问道：“商君之法严苛甚矣！你以为如何？”
掌柜说：“秦法固然严苛，刑罚甚重，国内无人不惧。然而益处多有，法令昭彰，守法而行者皆可安居乐业。秦民好勇斗狠，以法令之故，怯于私斗而示勇猛于战场，使秦军无往而不胜，此诚商君之功也。”
商鞅感到十分安慰，他离开客店，逃往了魏国。然而，秦魏向来势不两立，再加上商君曾经设计陷害公子卬，因此魏国几乎是毫不犹豫又将商君送回了秦国。
商鞅已无处可去，他回到自己的封地，与从属发兵攻打郑地，但很快就被秦王的军队阻击。商君的军队已所剩无几，他明白这是自己的末路。
安营扎寨，他与自己最信任的贤士喝了最后一杯酒。
夜晚，帐中有人来报，秦军有一兵士前来投诚。
商鞅问道：“你为何要投降？”
兵士俯首道：“我能有今天的地位，全靠商君您的变法。是您废除了世卿世禄，建立军功，才让我们这些贫民也有机会晋升，您是我们的仰仗！若您死，法令不再推行，回到之前的状态，秦国将陷入水深火热，我们将再无地位可言，所以我们决定投靠您，愿为商君赴汤蹈火！”
商君沉默无言，万千感慨让他说不出话来。
片刻后，他厉声道：“两军交战，为将者临阵倒戈，你可知该当何罪？！”
军士道：“按律当斩，夷灭三族。”
“知法犯法，你罪加一等！”商君骂道，军士惊恐至于无法说话。
商君道：“法令既由我推行，连太子触法也同受惩处。而我身为立法者，又岂能不遵守我自己制定的法律！？”
军士骇然后退半步，商君命人将他送出了营帐。
夜深了，商鞅看着月亮高高悬起，想到那个客店老板、又想到这个前来投诚的军士，他感到很满足。他相信，自己没有走错路。
“不知道赵良那边怎么样了。”商鞅叹道。
尾声：
几乎是商君兵败受困同时，一名士拜见秦惠文王，正是商鞅故友赵良。
惠文王素知赵良商鞅交好，故倨傲不前，对赵良睥睨视之。
赵良拜曰：“商君受困，久将不支，此大王之愿乎？”
秦王笑道：“商鞅曾两度施刑于吾，令吾颜面无存。吾固想杀之而后快也。”
赵良道：“秦军所向披靡，仅数日便奠定胜势，六国之中，有强兵如秦者乎？”
“楚之劲弩、魏之武卒皆不能及也。”
“秦三代之前，可有军队强似今日？”
“不能及也。”
赵良拜秦王再三，坦言道：“我闻秦军法令严明，晋升皆凭军功。出声行伍者驰骋战场，也有加官进爵的机会，故兵士无不斗志昂扬，悍不畏死，故能驰骋天下，六国莫能匹敌。故秦军其强，有赖于秦法，今王欲以私仇灭商君而后快，而奈秦法何？”
秦王为之动容：“非逞一时之快，商鞅变法触及贵族利益甚多，朝内对其莫不痛恨切齿，若不诛杀商鞅，恐引起上下公卿不满。”
赵良道：“商鞅其人刻薄寡恩，疏于人情，导致权贵怨恨，人民慑惧，是故商鞅必灭；然其法乃富国之道也，今已深入人心，假使革新，则民心必散，是故商鞅法必存。商鞅死而法存，固国安邦之要也，唯君图之。”
秦王大悦：“为君者不可执着私怨，当以天下为重，我欲保全商君之法，愿得良言从之。”
赵良说：“保全大秦天下者，商君也，非我也。出逃魏国、拥兵自立皆为假象，商鞅行事如此，是希望以死护法。大王只需诛杀商鞅，并当众惩戒，即可慑服朝野上下，并稳固商君法，如此大秦强盛便可延续。”
言毕，赵良奉上商鞅以毕生心力写就的作品，后人称之为《商君书》。
不久，在秦军围攻下，商君部众大败，而商鞅本人也死于乱军之中。秦惠文王循赵良之策，下令按律法诛商鞅九族，并将商鞅的尸体带回咸阳车裂示众，警告天下不可以身触法。
商君一死，举国震颤。秦惠文王以铁腕压制下朝内异议，下令继续施行商君之法，并针对不合理之处做出许多改革，使国富、民安、兵强，更甚于商君代政之时。