2017生信分析工具：
| Web服务器名称 | 网址 | 简要描述;简介 |
|---|---|---|
| agriGO v2 | http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ | GO分析农业物种 |
| AMMOS2 | http://drugmod.rpbs.univ-paris-diderot.fr/ammosHome.php | 能量最小化蛋白质 - 配体复合物 |
| antiSMASH | http://antismash.secondarymetabolites.org/ | 细菌和真菌基因组中的次级代谢物生物合成基因簇挖掘 |
| ARTS | http://arts.ziemertlab.com | 新型抗生素的生物合成基因簇挖掘 |
| BAR 3.0 | http://bar.biocomp.unibo.it/bar3 | 蛋白质结构和功能注释 |
| BepiPred-2.0 | http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred-2.0/ | 来自蛋白质序列的B细胞表位预测 |
| BioAtlas | http://bioatlas.compbio.sdu.dk | 微生物组和宏基因组位置的可视化 |
| BIS2Analyzer | http://www.lcqb.upmc.fr/BIS2Analyzer/ | 分析蛋白质序列中的共同氨基酸对 |
| 大忙人 | https://ccb-microbe.cs.uni-saarland.de/busybee | 宏基因组合 |
| 咖啡店 | https://github.com/younglululu/CAFE | 独立程序，用于无对齐的宏基因组数据比较 |
| 癌症PanorOmics | http://panoromics.irbbarcelona.org | 将癌症突变定位到3D蛋白质 - 蛋白质相互作用位点 |
| 辅 | http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/COFACTOR/ | 基于结构的蛋白质功能注释 |
| complex查看 | http://xvis.genzentrum.lmu.de/compleXView | 基于亲和纯化质谱的蛋白质 - 蛋白质相互作用 |
| ConTra v3 | http://bioit2.irc.ugent.be/contra/v3 | 转录因子结合位点分析 |
| CPC2 | http://cpc2.cbi.pku.edu.cn | 蛋白质编码RNA转录本的潜力 |
| CSPADE | http://cspade.fimm.fi/ | 化学信息学生物活性测定可视化 |
| CSTEE | http://comp-sysbio.org/cstea/ | 分析细胞状态转换的时间序列基因表达数据 |
| DEOGEN2 | http://deogen2.mutaframe.com/ | 预测蛋白质中的有害突变 |
| DNAproDB | http://dnaprodb.usc.edu | DNA-蛋白质复合物的结构分析 |
| DSSR | http://jmol.x3dna.org | DNA和RNA结构可视化 |
| DynOmics | http://dyn.life.nthu.edu.tw/oENM/ | 蛋白质分子动力学使用弹性网络模型 |
| EBISearch | http://www.ebi.ac.uk/ebisearch | Web服务文本在EMBL-EBI数据中搜索 |
| FireProt | http://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprot | 耐热蛋白质的设计 |
| GalaxyHomomer | http://galaxy.seoklab.org/cgi-bin/submit.cgi?type=HOMOMER | 预测蛋白质同源寡聚体结构 |
| GASS WEB | http://gass.unifei.edu.br/ | 鉴定酶活性位点 |
| 宝石 | http://gemstone.yulab.org/ | 人类疾病中的遗传变异优先排序 |
| 基因ORGANizer | http://geneorganizer.huji.ac.il | 人类基因与受影响的身体器官的联系 |
| GenProBiS | http://genprobis.insilab.org | 将SNP定位到蛋白质结合位点 |
| GEPIA | http://gepia.cancer-pku.cn/ | 癌症中差异基因表达的分析 |
| GeSeq | https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html | 叶绿体基因组的注释 |
| GibbsCluster | http://www.cbs.dtu.dk/services/GibbsCluster-2.0 | 检测蛋白质短线性基序 |
| GPCR SSFE 2.0 | http://www.ssfa-7tmr.de/ssfe2/ | G蛋白偶联受体的同源建模 |
| GWAB | http://www.inetbio.org/gwab/ | 基于网络的全基因组关联分析 |
| HDOCK | http://hdock.phys.hust.edu.cn/ | 蛋白质 - 蛋白质和蛋白质 - DNA / RNA对接 |
| HVGA | http://bioinfodev.hpc.cam.ac.uk/web-apps/hgva | 存档人类遗传变异注释 |
| HH-主题 | http://chimborazo.biochem.mpg.de/ | 检测蛋白质短线性基序 |
| I-TASSER-MR | http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER-MR/ | 用于X射线晶体学的蛋白质结构建模 |
| 附加 | http://bioinfo.uochb.cas.cz/INTAA/ | 氨基酸相互作用能的分析 |
| IntaRNA 2.0 | http://rna.informatik.uni-freiburg.de/IntaRNA/Input.jsp | 预测RNA分子之间的相互作用 |
| IslandViewer 4.0 | http://www.pathogenomics.sfu.ca/islandviewer4/ | 细菌基因组岛的预测（水平基因转移） |
| kpLogo | http://kplogo.wi.mit.edu/ | 短序列图案的检测和可视化 |
| LigParGen | http://jorgensenresearch.com/ligpargen | 用于分子动力学的力场参数 |
| LimTox | http://limtox.bioinfo.cnio.es | 文本挖掘复合毒性 |
| MCSM-NA | http://structure.bioc.cam.ac.uk/mcsm_na | 预测蛋白质突变对核酸结合亲和力的影响 |
| MicrobiomeAnalyst | http://microbiomeanalyst.ca | 微生物组数据分析 |
| MinePath | http://www.minepath.org | 监管网络子路径的差异表达分析 |
| ModFOLD6 | http://www.reading.ac.uk/bioinf/ModFOLD/ | 蛋白质结构质量评估 |
| mTCTScan | http://jjwanglab.org/mTCTScan | 癌症药物反应的突变优先排序 |
| MutaGene | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mutagene/ | 癌症突变谱的可视化和分析 |
| NNAlign-2.0 | http://www.cbs.dtu.dk/services/NNAlign-2.0 | 检测受体 - 配体相互作用的配体基序 |
| Norev | http://server.idrb.cqu.edu.cn/noreva/ | 基于质谱的代谢组学数据的数据归一化方法的评估 |
| 说 | http://www.hpi.de/plattner/olelo | PubMed中的文本挖掘 |
| OmicSeq | http://www.omicseq.org | 在主要存储库中搜索组学数据 |
| P4P | http://sing.ei.uvigo.es/p4p | 基于肽数据集的细菌菌株分类 |
| Fthviav | http://pathview.uncc.edu/ | 代谢途径的可视化和注释 |
| pepATTRACT | http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/pepATTRACT | 预测蛋白质 - 肽对接 |
| Fhrmnapper | http://lilab.ecust.edu.cn/pharmmapper | 使用药效团图谱进行药物靶标搜索 |
| PHD-SNPg | http://snps.biofold.org/phd-snpg | 有害的SNP分类 |
| PIGSPro | http://cassandra.med.uniroma1.it/AbPrediction/web/pigs.php | 免疫球蛋白可变结构域的建模 |
| plantiSMASH | http://plantismash.secondarymetabolites.org | 检测植物中的生物合成基因簇 |
| PMUT | http://mmb.irbbarcelona.org/PMut/ | 预测蛋白质突变的疾病潜力 |
| Prism3 | http://prism3.magarveylab.ca/prism | 从生物合成基因簇预测天然产物结构 |
| ProteinsAPI | http://www.ebi.ac.uk/proteins/api | 来自UniProtKB的蛋白质数据的Web服务 |
| ProteinsPlus | http://proteins.plus | 基于结构的蛋白质建模 |
| ProteoSign | http://bioinformatics.med.uoc.gr/ProteoSign | 蛋白质差异丰度分析 |
| 复性 | http://www.reading.ac.uk/bioinf/ReFOLD/ | 蛋白质结构细化 |
| RegulatorTrail | https://regulatortrail.bioinf.uni-sb.de | 分析转录因子和靶基因 |
| RiPPMiner | http://www.nii.ac.in/rippminer.html | 预测核糖体合成和翻译后修饰的肽的化学结构 |
| RNA工作台 | https://github.com/bgruening/galaxy-rna-workbench | 用于分析RNAseq和RNA序列数据的独立工具集合 |
| RNA-MoIP业务 | http://rnamoip.cs.mcgill.ca/ | RNA 2D和3D结构的预测 |
| SBSPKSv2 | http://www.nii.ac.in/sbspks2.html | 聚酮合酶的分析 |
| 风景 | http://mensxmachina.org/en/software/ | 从细胞计数数据重建网络 |
| SDM | http://structure.bioc.cam.ac.uk/sdm2 | 预测蛋白质突变体的稳定性 |
| 更 | http://www.pharmaceutical-bioinformatics.de/sempi/ | 从生物合成基因簇预测聚酮化合物合成酶产物 |
| SLiMSearch | http://slim.ucd.ie/slimsearch/ | 检测蛋白质短线性基序 |
| 苏打 | http://protein.bio.unipd.it/soda/ | 预测蛋白质突变体中的溶解度 |
| SpartaABC | http://spartaabc.tau.ac.il/webserver | 使用indel进行序列模拟 |
| ThreaDomEx | http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/ThreaDomEx | 预测蛋白质结构域和结构域边界 |
| EMBL-EBI的工具 | http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/ | EMBL-EBI的Web服务工具 |
| TraitRateProp | http://traitrate.tau.ac.il/prop | 序列进化测试与表型的关联 |
| TRAPP | http://trapp.h-its.org | 分析蛋白质结合位点动力学 |
| VCF.Filter | https://biomedical-sequencing.at/VCFFilter/ | 用于过滤和注释vcf文件中的遗传变体的独立程序 |
| Web3DMol | http://web3dmol.duapp.com/ | 蛋白质结构可视化 |
| WebGestalt | http://www.webgestalt.org | 基因集功能丰富分析 |
| Wopper | http://WoPPER.ba.itb.cnr.it/ | 检测具有协调基因表达变化的细菌基因组区域 |
| XSuLT | http://structure.bioc.cam.ac.uk/xsult | 蛋白质多序列比对的注释和可视化 |
2018生信在线工具：
| Web服务器名称 | 网址 | 简要描述;简介 |
|---|---|---|
| IPhone Profailer | http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/AAI | 蛋白质组平均氨基酸同一性比较 |
| AlloFinder | http://mdl.shsmu.edu.cn/ALF/ | 变构调制器识别 |
| ArDock | http://ardock.ibcp.fr | 蛋白质 - 蛋白质相互作用区域 |
| BAGEL4 | http://bagel4.molgenrug.nl | 次级代谢物基因簇（RIPPs，细菌素） |
| BAMM | https://bammmotif.mpibpc.mpg.de | 核苷酸结合基序 |
| BeStSel | http://bestsel.elte.hu | 基于圆二色光谱的蛋白质二级结构分析 |
| BRepertoire | http://mabra.biomed.kcl.ac.uk/BRepertoire | 抗体库分析 |
| 浏览 | http://busca.biocomp.unibo.it | 蛋白质亚细胞定位预测 |
| CABS-flex 2.0 | http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSflex2 | 模拟蛋白质结构的灵活性 |
| CalFitter | https://loschmidt.chemi.muni.cz/calfitter/ | 蛋白质热变性分析 |
| CASTp 3.0 | http://sts.bioe.uic.edu/castp/ | 蛋白质口袋，空腔和通道的拓扑结构 |
| CavityPlus | http://www.pkumdl.cn/cavityplus | 蛋白质结合位点腔 |
| CellAtlasSearch | http://www.cellatlassearch.com | 单细胞基因表达数据搜索 |
| cgDNAweb | http://cgDNAweb.epfl.ch | 双链DNA粗粒模型 |
| CircadiOmics | http://circadiomics.ics.uci.edu | 昼夜节律数据集分析和存储库 |
| COACH-d | http://yanglab.nankai.edu.cn/COACH-D/ | 蛋白质 - 配体结合位点预测 |
| Coloc-统计 | https://hyperbrowser.uio.no/coloc-stats/ | 基因组位置富集分析 |
| ComplexContact | http://raptorx2.uchicago.edu/ComplexContact/ | 蛋白质异二聚体复合残基 - 残基接触预测 |
| Conekt公司的植物 | http://conekt.plant.tools | 植物基因共表达的比较分析 |
| CRISPOR | http://crispor.org | CRISPR / Cas9基因组编辑的指导序列 |
| CRISPRCasFinder | https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr | CRISPR阵列和Cas基因检测 |
| CSAR-网 | http://genome.cs.nthu.edu.tw/CSAR-web | 重叠群脚手架 |
| dbCAN2 | http://cys.bios.niu.edu/dbCAN2 | 碳水化合物活性酶注释 |
| DynaMut | http://biosig.unimelb.edu.au/dynamut/ | 点突变对蛋白质稳定性和动力学的影响 |
| easyFRAP的Web | https://easyfrap.vmnet.upatras.gr/ | 蛋白质迁移率分析与光漂白数据后的荧光恢复 |
| EviNet | https://www.evinet.org/ | 基因集网络丰富分析 |
| ezTag | http://eztag.bioqrator.org | 生物医学概念注释 |
| FragFit | http://proteinformatics.de/FragFit | 低温EM密度图的蛋白质区段建模 |
| 弗赖堡RNA工具 | http://rna.informatik.uni-freiburg.de | RNA分析 |
| GADGET | http://gadget.biosci.gatech.edu | 基于人群的遗传变异分布 |
| 星系 | https://usegalaxy.org | 生物医学数据分析工作流程 |
| Galaxy HiCExplorer | https://hicexplorer.usegalaxy.eu | 染色质三维构象分析 |
| GDA | http://gda.unimore.it/ | 整合药物反应，基因表达谱和癌症突变 |
| 基因疯狂 | http://genemania.org | 基因功能预测 |
| geno2pheno [NGS-频率] | http://ngs.geno2pheno.org | 病毒耐药性预测 |
| GIANT 2.0 | http://giant-v2.princeton.edu | 人体组织特异性基因功能关系 |
| GPCRM | http://gpcrm.biomodellab.eu/ | G蛋白偶联受体结构建模 |
| 喜剧 | http://grinn.readthedocs.io | 蛋白质分子动力学残基相互作用能 |
| GWAS4D | http://mulinlab.org/gwas4d | 从GWAS数据中确定监管变体的优先次序 |
| HMMER | http://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer | 配置文件隐藏马尔可夫模型同源搜索 |
| HotSpot向导3.0 | http://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard3 | 蛋白质工程定向突变 |
| HPEPDOCK | http://huanglab.phys.hust.edu.cn/hpepdock/ | 肽 - 蛋白质对接 |
| HSYMDOCK | http://huanglab.phys.hust.edu.cn/hsymdock/ | 对称蛋白质复合物对接 |
| InterEvDock2 | http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/InterEvDock2/ | 蛋白质 - 蛋白质对接 |
| INTERSPIA | http://bioinfo.konkuk.ac.kr/INTERSPIA/ | 多种蛋白质 - 蛋白质相互作用 |
| Ifth3k0 | http://pathways.embl.de | 代谢途径可视化和定制 |
| IUPred2A | http://iupred2a.elte.hu | 本质上无序的蛋白质区域 |
| k无活性 | http://biosig.unimelb.edu.au/kinact/ | 激酶激活错义突变预测 |
| KnotGenome | http://knotgenom.cent.uw.edu.pl/ | 染色体结和拓扑的拓扑分析 |
| LitVar | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Lu/Demo/LitVar | PubMed的遗传变异信息检索 |
| 这个URL | http://lolaweb.databio.org | 基因组区域富集分析 |
| MetaboAnalyst 4.0 | http://metaboanalyst.ca | 代谢组学数据分析 |
| MetExplore | https://metexplore.toulouse.inra.fr/metexplore2/ | 代谢网络分析 |
| 多边投资担保机构 | http://microbial-genomes.org/ | 原核基因组和宏基因组分类 |
| MISTIC2 | https://mistic2.leloir.org.ar | 蛋白质家族中的残基对共变 |
| MOLEonline | https://mole.upol.cz | 生物分子通道，隧道和毛孔 |
| MTM-对齐 | http://yanglab.nankai.edu.cn/mTM-align/ | 蛋白质结构多重比对和数据库搜索 |
| 飞龙 | http://mutalisk.org | 体细胞突变与基因组，转录和表观基因组特征相关 |
| 海洋基因图集 | http://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/ | 海洋浮游生物基因地理定位和丰度 |
| oli2go | http://oli2go.ait.ac.at/ | 用于非人DNA的PCR引物和杂交探针设计 |
| OmicsNet | http://www.omicsnet.ca | 分子相互作用网络可视 |
| oriTfinder | http://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/oriTfinder | 细菌移动遗传元件中转移位点的起源 |
| PaintOmics 3 | http://bioinfo.cipf.es/paintomics/ | KEGG途径的组学数据的可视化 |
| PANNZER2 | http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/sanspanz/ | 蛋白质功能预测 |
| PatScanUI | https://patscan.secondarymetabolites.org/ | DNA和蛋白质序列模式搜索 |
| PhytoNet | http://www.gene2function.de | 浮游植物基因表达谱 |
| pirScan | http://cosbi4.ee.ncku.edu.tw/pirScan/ | piRNA目标预测 |
| 原卟啉原-II | http://tox.charite.de/protox_II | 化学毒性预测 |
| psRNATarget | http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/ | 植物小RNA目标预测 |
| PSSMSearch | http://slim.ucd.ie/pssmsearch/ | 用于结合和翻译后修饰的蛋白质基序 |
| 哈巴狗REST | https://pubchemdocs.ncbi.nlm.nih.gov/pug-rest | PubChem cheminformatics程序化访问 |
| RepeatsDB - 精简版 | http://protein.bio.unipd.it/repeatsdb-lite | 蛋白质中的串联重复 |
| RNApdbee 2.0 | http://lepus.cs.put.poznan.pl/rnapdbee-2.0/ | RNA二级结构注释 |
| RSAT | http://www.rsat.eu/ | DNA调控基序 |
| SMARTIV | http://smartiv.technion.ac.il/ | RNA结合蛋白的RNA序列和结构基序 |
| SNPnexus | http://www.snp-nexus.org | SNP功能注释 |
| SAVE | https://www.lisanwanglab.org/SPAR | 小RNA测序数据的分析 |
| SWISS-MODEL | https://swissmodel.expasy.org | 蛋白质和蛋白质复合物的结构同源性建模 |
| TAM 2.0 | http://www.scse.hebut.edu.cn/tam/ | microRNA集富集分析 |
| TCRmodel | http://tcrmodel.ibbr.umd.edu/ | T细胞受体结构建模 |
| UNRES | http://unres-server.chem.ug.edu.pl | 粗粒度模拟蛋白质结构 |
| VarAFT | http://varaft.eu | 致病变异注释 |
| WEGO 2.0 | http://wego.genomics.org.cn | 基因本体可视化 |
| X2K Web | http://X2K.cloud | 差异表达基因特征的激酶富集分析 |
| xiSPEC | http://spectrumviewer.org | 蛋白质组学质谱数据分析 |