Ubuntu 本地电脑上配置php环境并部署RefFinder php

用于计算并比较多个候选参考基因的工具，这个工具常出现在内参基因选择的文章中，通过整合多个算法并进行加权处理后得到一个推荐的内参基因。然而这个工具是网站的在线工具并且很多网站都没有办法访问了。

参考文献

近来看到github上有这个工具的的php文件。我们今天就对这个web软件在本地服务器的部署进行一个讲解。鉴于这个软件搭建需要一定的计算机基础，因此如果有搭建需求的可以直接联系我进行搭建。QQ联系方式：1013072239。

存放于Github的php文件

============================

首先安装一些运行环境

============================

安装Apache2

yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:~$ sudo apt-get update
yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:~$ sudo apt-get install apache2
......
Processing triggers for libc-bin (2.23-0ubuntu10) ...
Processing triggers for systemd (229-4ubuntu21.16) ...
Processing triggers for ureadahead (0.100.0-19) ...
Processing triggers for ufw (0.35-0ubuntu2) ...

完成以上后就表明安装好了，然后可以试一试是否能够访问 本地的localhost

访问本地localhost

安装php 7.0

yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:~$ sudo apt-get install php7.0
Reading package lists... Done
......
Creating config file /etc/php/7.0/fpm/php.ini with new version
Setting up php7.0 (7.0.33-0ubuntu0.16.04.1) ...
Processing triggers for systemd (229-4ubuntu21.16) ...
Processing triggers for ureadahead (0.100.0-19) ...
yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:/var/www/html$ php -v
PHP 7.0.33-0ubuntu0.16.04.1 (cli) ( NTS )
Copyright (c) 1997-2017 The PHP Group
Zend Engine v3.0.0, Copyright (c) 1998-2017 Zend Technologies
    with Zend OPcache v7.0.33-0ubuntu0.16.04.1, Copyright (c) 1999-2017, by Zend Technologies

再安装完了后进行版本测试然后继续安装下面的东西（大概是连接php 和 apache的一个东西）

yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:/var/www/html$ sudo apt-get install libapache2-mod-php7.0 
......
Enabling module mpm_prefork.
apache2_switch_mpm Switch to prefork
apache2_invoke: Enable module php7.0

然后看看是否本地能够连接对应的数据

yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:/var/www/html$ sudo vi test.php

然后输入以下内容

然后用本地服务器打开

测试访问本地php文件

部署RefFinder

============================

yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:/var/www/html$ sudo https://github.com/fulxie/RefFinder.git^C
yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:/var/www/html$ sudo git clone https://github.com/fulxie/RefFinder.git
Cloning into 'RefFinder'...
remote: Enumerating objects: 93, done.
remote: Counting objects: 100% (93/93), done.
remote: Compressing objects: 100% (74/74), done.
remote: Total 96 (delta 23), reused 85 (delta 18), pack-reused 3
Unpacking objects: 100% (96/96), done.
Checking connectivity... done.
yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:/var/www/html$ l
index.html  RefFinder/  test.php
yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:/var/www/html$ l RefFinder/
class/  css/  index.php  js/  README.md  refereceGene/

部署完成后开始测试

测试RefFinder的使用

可以使用后就开始试一试吧

使用试用数据进行分析测试

可以发现它整合了几种分析方法进行分析后的得到了结果，因此省去了很多的工作。

鉴于很多朋友都在问我这个搭建的方法，大家如果不会的可以直接联系我。我可以给你们搭建。