分享一些简单的指令，以及conda的安装。
whoami 可以查看当前使用账号
/ 表示根目录
以根目录为开始位置编写的路径叫做绝对路径
/abc/def/asd
以任何目录为开始位置编写的路径叫做相对路径
. 表示原地踏步
.. 向上一级
pwd 命令可以查看终端窗口当前目录
Linux 系统为每个账户专门保留了一个目录叫做这个账户的home目录
clear 清除当前窗口下的所有内容
ls -a 查看当前目录下的所有内容
ls -l 查看当前目录下所有文件的属性
ls -a -l 可以结合使用
mkdir 在父目录下创建一个原目录下不存在的文件夹
mkdir -p 创建一个多层的目录
rmdir 删除一个空目录
rm -rf 删除一个非空的目录
tab 可以在命令行中把路径的剩余部分自动补齐
tar zcvf (filename).tar.gz 路径1 路径2 对文件目录进行压缩
zip -r filename.zip filename 将目录下面filename目录压缩为filename.zip
unzip filename.zip -d filename 把/home目录下面的filename.zip解压到filename目录里面
zip -r abc123.zip abc 123.txt 将目录下面的abc文件夹和123.txt压缩成为abc123.zip
unzip abc*.zip 将当前目录下的abc12.zip、abc23.zip、abc34.zip同时解压到当前目录下
tar zxvf (filename).tar.gz 对文件目录进行解压
rm -rf filename.tar.gz 删除压缩包
nyy 在正常模式下vi 中的自带粘贴板，该命令可以把当前光标及下面几行拷贝到剪切板，其中n代表拷贝几行。粘贴时np，n代表粘贴几次。
ndd 在正常模式下vi 中的自带剪切板，该命令可以吧当前光标及下面几行拷贝到剪切板，其中n代表拷贝几行。
set mu 可以让vi显示行号
~/vimrc 这个文件夹可以记录各种set命令，每次vi启动都会从这个文件夹中得到所有set命令并按顺序执行一遍
touch filename 创建一个文件而不进入
cp file file1 在同一目录下将文件file复制并重命名为file1
cp file filename/ 将文件file复制到filename目录下
cp -r filename filename1 在同一目录下将文件夹filename复制并重命名为filename1，若要显示复制的详细内容则将 -r 改为 -rv 或 -r -v。
mv file filename/ 将文件file移动到filename目录下
mv file filename/filename1 将文件file移动到filename目录下并重命名为filename1
mv file.{txt,fq} 将文档file的后缀 txt 改为 fq
mv file file1 在同一目录下将文件file重命名为file1
mv file ../ 将文档file上移一级目录
rm file 删除file文档
rm -r filename 删除file目录中所有内容，但此条命令较为危险，可将-r 改为 -ri 或-r -i 则每删除一个文档都会确认 yes/no
scp file username@ID:filename 将本地file文件上传至服务器liuzhongli用户名下的filename目录下
scp username@ID:/home/liuzhongli/T.hydatigena/read/a_.fq /Users/aaali/Desktop/ 把服务器上的a.fq文件拷贝到本地桌面
./xxx xxx cd到软件目录下，运行xxx是那个可执行的文件名
打开终端,cd到那个目录,然后ls -all看看有哪些可以执行的文件,然后 输入 ./xxx xxx是那个可执行的文件名,就可以运行了
conda的安装和使用 https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d
conda install gatk 安装指令
which gatk 安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置
conda list 查看已安装软件
conda remove gatk 卸载指定软件
. ./activate 在miniconda2/bin下，进入conda环境
conda deactivate 退出conda环境
echo "alias condaup='. ~/miniconda2/bin/activate'" >> ~/.bash_aliases && source ~/.bash_aliases