samtools安装

samtools安装

1、找到samtools的地址samtools链接，查看当前版本。

[最新版本下载地址]
https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2

2、创建samtools文件夹，并下载samtools

mkdir ~/biosoft/samtools #本次非必须，为了养成好的习惯建议新建一个文件夹
cd ~/biosoft/samtools
wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 #下载

3、解压和安装

tar jxvf samtools-1.9.tar.bz2
cd samtools-1.9

./configure --prefix=/home/vip52/biosoft/samtools-1.9/ #指定安装在/home/vip52/biosoft/samtools-1.9/目录下.注意尽量用绝对路径
make
make install
./samtools --help #可以运行，表明安装成功

3、添加到环境变量

echo 'export PATH ="/home/vip52/biosoft/samtools-1.9/bin:$PATH"

4、bug坑

#安装完成后，调用命令是
./samtools --help
#我直接调用或者进入samtools-1.9/bin目录调用都不得行 ？？？
#指定环境变量可以完美解决此坑