使用GCTA软件进行GWAS

1. 准备文件

（1）基因型文件：ped、map或二进制fam、bim、bed文件。

（2）表型文件：3列。Family ID，Individual ID，表型值。缺失用-9表示，否则报错。

（3）协变量文件：前两列为Family ID和Individual ID，后面为协变量（固定效应等：如性别、年龄、PCA）

2. GWAS

准备：将基因型和表型文件复制到GCTA软件的对应文件夹下，在路径输入cmd，进入命令行。

（1）构建G矩阵

gcta --bfile genotype --make-grm-alg 1 --out relationship

备注：genotype为二进制基因型文件，无需后缀，--make-grm-alg为 1 表示___，为 0 表示___。输出名称为relationship。

（2）计算PCA：利用构建的亲缘关系relationship计算PCA。

gcta --grm relationship --pca 3 --out pca

（3）分析：mlma为输出格式，thread-num为线程数，输出名称为trait1。

gcta --grm relationship --bfile genotype --pheno pheno.txt --covar covar.txt --mlma --thread-num 10 --out trait1

3. 估计遗传力

gcta --grm relationship --pheno pheno.txt --reml --out herit

4. 计算lambda值。

p_value = mlma$p_wald
z = qnorm(p_value/2)
lambda = round(median(z^2, na.rm =TRUE)/0.454, 3)

5. 可视化

GWAS分析中可视化：QQ图和曼哈顿图 - 知乎 (zhihu.com)