pymol安装使用；vscode蛋白质可视化插件 protein viewer；rcsb pdb，fasta蛋白wget下载

pdb文件字段说明学习：

1、pymol安装使用

参考：https://blog.csdn.net/eternalapple/article/details/110263296

官网：https://pymol.org/

安装：
1、可以直接conda安装，一条命令
conda install -c schrodinger pymol-bundle

安装成功后输入pymol即可调出窗口

2、 也可以直接下载安装包安装

****激活码申请
可以申请教育学生，可以不是学校邮箱一般也可以
申请成功后收到邮件，里面有链接账号密码，然后就可以下载许可

2、蛋白质可视化插件 protein viewer

这是vscode编辑器的插件，类似pymol软件展示

1） a Protein Structure from the PDB or AlphaFoldDB 支持pdb库蛋白搜索和本地文件导入

a、 ctrl +shift+ p 调出框输入 Start Protein Viewer ，命令后即可输入PDB or AlphaFoldDB 库的蛋白质id

2、本地文件导入

2）支持格式 Supported Formats

.pdb
.pdbqt
.mmcif
.gro
.xyz
.cif
.mol
.mol2
.sdf

3、rcsb pdb蛋白wget下载

RCSB PDB (http://www.rcsb.org/) 蛋白质数据库PDB最早由美国布鲁克海文国家实验室建立

url = 'http://www.rcsb.org/pdb/files/%s.pdb.gz' % (pdb_id.upper()) ##下载蛋白路径
dest = '%s/%s.pdb.gz' % (os.path.abspath(dest_dir), pdb_id) #保存文件路径

wget --quiet %s   -O %s' % (url, dest)

rcsb pdb批量下载

### 复制过来转化成列表
a11="117E,1A0A,1A1D,1A2F,1A2G,1A3W,1A3X,**********8EAV,8ESC,8PRK"

b11 = a11.split(",")
b11

## 循环下载
import requests


for pdb in b11:
    r = requests.get(f"https://files.rcsb.org/download/{pdb}.pdb", stream=True)
    f = open(f"F:\pdb_database\{pdb}.pdb", "wb")
    for chunk in r.iter_content(chunk_size=512):
        if chunk:
            f.write(chunk)
    f.close()

比如下载选择的这些pdb id蛋白

下载结果：

fasta 格式下载

for pdb in b11:
    r = requests.get(f"https://www.rcsb.org/fasta/entry/{pdb}", stream=True)  ##pdb这里更改蛋白id就行
    f = open(f"F:\pdb_database\{pdb}.fasta", "wb")
    for chunk in r.iter_content(chunk_size=512):
        if chunk:
            f.write(chunk)
    f.close()