MATLAB添加工具包NIFTI(详细)及脑MRI 重采样

一:将要添加的工具包解压好
我这里要添加的文件包为: NIfTI_20140122
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二:找到自己电脑MATLAB的安装目录,找到toolbox文件夹,将解压好的工具包复制到toolbox文件夹中
我这里的安装目录是:E:\MATLAB\R2019a\toolbox
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三:打开MATLAB程序,给新添加的工具包设置路径
(1)以中文版为例,在主界面找到“设置路径”按钮

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(2)点击“设置路径”,弹出设置界面
第一步:点“添加文件夹
(注:如果要工具包中有多个子文件夹,则点“添加并包含子文件夹”)
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第二步:找到安装目录下toolbox中复制过来的工具包,添加

第三步:添加好文件后,MATLAB搜索路径下便会出现添加好的新工具包路径,点“保存”,再“关闭”

四:预设
主界面中找到”预设“按钮,点击打开,找到”常规“,点击”更新工具箱路径缓存“,再点”应用“,最后”确定“即可
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五:测试
在MATLAB命令行窗口输入: nifti
回车有输出即为工具包添加成功
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或者使用 which nifti, 有路径输出即正确
image.png

六,NIfTI_20140122脑图谱重采样

——数据可以4维

reslice_nii('BN_Atlas_246_1mm.nii','BN_Atlas_246_8mm.nii',8,1,0,2)

从左到右,第一个为输入图像路径,第二个为输出图像路径,第三个为重采样尺寸,这里为8,表示重采样到8mm的体素尺寸,第五个为插值方法。1:三线性插值(默认),2:最近邻插值,3:Fischer的Bresenham插值。图谱采样为了不增加一些小数,label都是整数,所以一般用最近邻插值。

本文使用如下方式:将尺寸大小**(192,24,192),分辨率为(1,1,1)的模板和Atlas,分别降采样到(97,113,97)(2,2,2)*

reslice_nii('JHU_SS_b0_padding.nii.gz','JHU_SS_b0_padding_2mm.nii.gz',2,1,0,2)
% Usage: reslice_nii(old_fn, new_fn, [voxel_size], [verbose], [bg], [method], [img_idx])
reslice_nii('AspectsAtlas_padding.nii.gz','AspectsAtlas_padding_2mm.nii.gz',2,2,0,2)

如下图所示:
模板重采样前:(192,24,192)(1,1,1)
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** 模板重采样后:(97,113,97)(2,2,2)**
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Atlas采样前:(192,24,192)(1,1,1)
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Atlas重采样后:(97,113,97)(2,2,2)
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