Linux基础入门 | 文件操作命令

最近很多师弟师妹和我讲,老师安排他们做生物信息学分析,但是不知道从何入手学习,每每翻开一本本厚厚的教程,总是提不起兴趣。我一直觉得,基础生物信息学分析是一件“会者不难,难者不会”的事情,因此,想要学习生物信息学分析,入门真的非常重要!入门以后就可以融汇贯通,完成基础、简单的分析。

很多人一进实验室,师兄师姐就会扔给他一本《鸟哥的Linux私房菜:基础学习篇》,让学Linux。掌握Linux对于我们以后的学习是十分重要的,因为相关分析工具大多没有可视化界面,需要使用命令行进行操作。下面,我整理了几个我常用的命令,帮助大家掌握基本的Linux操作。

使用Windows 10 的同学可以在电脑里安装Linux子系统(Ubuntu),具体教程在下面的链接里,大家可以按照步骤安装。

在新版 Win10 中启用 Linux Bash 环境-百度经验

安装完成后,在命令行界面输入“bash",即可进入Linux子系统。

当我们开始一项新的分析任务时,最先要做的就是建一个目录存放我们的相关文件。

这时,我们可以使用命令“mkdir 目录名”完成目录的创建。

使用“ls -al”或者"ll"可以查看所在目录下的文件和文件夹,我们可以输入命令查看文件夹是否创建,然后练习简单的文件操作命令。

下面是我们常用的一些文件操作命令:

# 切换(进入)目录cd 目录名# 查看当前位置pwd# 返回上一目录cd .. # 返回home目录cd ~# 删除文件(目录)rm 文件名rm -r 目录名# 更改文件(目录)名字mv 原文件 新文件名mv 原目录名 新目录名# 移动文件(目录)mv 文件(目录) 新位置# 复制文件(目录)cp 文件 新位置cp -r 目录 新位置

当然,在我们真实的分析场景下,掌握这些简单的命令是不够的,我们还需要掌握以下命令:

# 打印文件全部内容cat 文件名# 逐页打印文件内容less 文件名# 显示文件前n行内容head -n 文件名# 显示文件末尾n行内容tail -n 文件名# 编辑文件(Vim编辑器中还有很多指令,请大家查询)vi 文件名# 远程文件上传命令scp 本地文件 用户名@地址:上传位置例:scp (-r) /home/miso/1.txt [email protected]:/share/nas3/sugar/# 远程文件下载命令scp 用户名@地址:文件位置 本地下载位置例:scp (-r) [email protected]:/share/nas3/sugar/1.txt /home/miso/-r 指上传(下载)的为文件夹

除了这些基本命令外,掌握各种解压缩命令也是十分重要的。网上有很多整理,小编就不一一赘述了。

https://blog.csdn.net/liuyanfeier/article/details/62422315

最后,小编还想讲讲几个重要概念:

绝对路径:从根目录开始,依次将各级子目录的名字组合起来,形成的路径。例如:/share/nas3/miso/Software/

相对路径:路径的写法不是由根目录 / 写起的。例如,从/share/nas3/miso/Software/转到/share/nas3/miso/fastq/下时,我们可以输入命令"cd ../fastq",“../fastq”就是相对路径的写法。

在我们写脚本或者执行命令时,不推荐使用相对路径,因为相对路径容易发生错误!谨记!

权限:Linux中,文件和目录都是有权限的。

如图所示,Linux的权限分为9种。分别由文件所有者、所在组、其他人三种身份及读(r)、写(w)、可执行(x)三种文件权限组成。

当我们想要把一个文件改为只允许自己修改的文件时,可以输入以下命令:

chmod 644 文件名

命令中的三个数字的位置分别对应:文件所有者、组、其他人。而数字的大小,则是权限的总和(读:4,写:2,可执行:1)。所以,我们的数字为6(4+2)、4、4。

我们在研究过程中,大部分的分析都是在高性能服务器上进行的,这就涉及到ssh登录及任务投递,具体的登录方式及投递命令,大家可以咨询自己的师兄师姐。

Linux是一个非常强大的系统,还有非常多的命令(如:awk、grep等)值得我们学习,小编这篇文章只是抛砖引玉,具体遇到的问题,还需要大家在日常研究中逐一解决!

参考资料:

《鸟哥的Linux私房菜:基础学习篇(第三版)》

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