学习小组Day3 linux软件--及时雨

参考 生信星球 公众号教程

（1）准备工作
（2）开始使用conda

（1）准备工作

1.压缩软件 bzip2

一个压缩软件（或者说命令），一般服务器都有，阿里云免费版未自带

装了没？

输入bzip2，检查有没有这个软件，有的话会显示
我们这里not fund 果真没装

操作界面

现在就装

yum install -y bzip2

一顿命令猛如虎 就好了

操作界面

2. 软件管理Miniconda

手机“应用商店”的存在， 软件一键安装
日常生信使用小而精的【Miniconda】即可

参考 生信星球 公众号文章图

现在就装

1. 登陆服务器，进入biosoft目录

cd biosoft  # biosoft是前面我们建好，专放软件的目录

2. wget 命令 下载安装脚本

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的 —— 生信星球 公众号

操作界面

3. 怎么安装miniconda

（如果安装失败，只需要从这里 重新开始）

用bash运行这个安装用的脚本

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

输入代码回车
一路敲 enter，或 yes ，敲到linux感谢你

操作界面

切记： 要激活

source ~/.bashrc  # 输入激活

再输入 conda， 出现满屏幕信息 就是安装成功啦_。

操作界面

添加镜像

我的理解是 国外出品，下载源 设置链接是清华的，保证速度

Windows系统：复制粘贴不是ctrl+c和ctrl+V，是鼠标左键和右键

下面代码一行一行 在linux运行

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

操作界面

准备工作正式结束！

（2）开始使用conda

1. 查看当前所有软件列表

conda list

操作界面部分截图

2. 搜索软件
   搜一下数据质控软件 fastqc

conda search fastqc 

结果是fastqc不同版本展示

操作界面

3. 安装软件
   加上-y是自动安装

 conda install fastqc -y 

默认安装最新版本，
万一新版像window10 bug多
就要指定安装老版本
比如：指定版本号

conda install fastqc=0.11.7 -y

4. 卸载软件

conda remove fastqc -y

操作界面

谢谢您的观看！