TCGA数据下载系列之一：cgdsr

#查看有多少不同的癌症数据集

library(cgdsr)

library(DT)

mycgds <- CGDS("http://www.cbioportal.org/public-portal/")

all_TCGA_studies <- getCancerStudies(mycgds)

DT::datatable(all_TCGA_studies)

#查看任意数据集的样本列表方式

stad2014<-"stad_tcga_pub"

all_tables<-getCaseLists(mycgds,stad2014)

DT::datatable(all_tables[,1:3])

#查看任意数据集的数据形式

all_dataset<-getGeneticProfiles(mycgds,stad2014)

DT::datatable(all_dataset,extensions = 'FixedColumns',options = list(scrollX = TRUE,fixedColumns = TRUE))

#获取一个基因的一个profile

my_dataset<-"stad_tcga_pub_rna_seq_v2_mrna"##数据类型

my_table<-"stad_tcga_pub_all"##选取一样本

BRCA1 <- getProfileData(mycgds,"BRCA1", my_dataset, my_table)##在mycgds链接里，获得my_table样本的BRCA1基因的my_dataset数据类型

data <- getProfileData(mycgds,c("BRCA1","BRCA2"), my_dataset, my_table)##获取多个基因的相同profile

#选定样本获取临床信息

clinicaldata<-getClinicalData(mycgds,my_table)#此链接下该样本的临床信息

#下载点突变信息

library(cgdsr)library(DT)

mycgds <- CGDS("http://www.cbioportal.org/public-portal/")

mutGene=c("TP53","UGT2B7","CYP3A4")

mut_df<-getProfileData(mycgds,mutGene,"gbm_tcga_mutations","gbm_tcga_sequenced")

mut_df<-apply(mut_df,2,as.factor)

mut_df[mut_df=="NaN"]=""

mut_df[is.na(mut_df)]=""

mut_df[mut_df != ""]="MUT"

#拷贝数变异数据

cna<-getProfileData(mycgds,mutGene,"gbm_tcga_gistic","gbm_tcga_sequenced")

cna<-apply(cna,2,function(x) as.character(factor(x,levels = c(-2:2),labels = c("HOMDEL","HETLOSS","DIPLOID","GAIN","AMP"))))

cna[is.na(cna)]=""

cna[cna=="DIPLOID"]=""

DT::datatable(cna)