基因组Circos图绘制

刘总的项目历经千辛万苦终于要开始了，因为测了一个基因组，当然不可避免的要做一个Circos图展现基因组的一些信息。今我就来记录一下Circos图绘制的方法，具体原理细节老规矩不介绍，脚本不外传，方法仅供参考。让我们快来开始吧，快来开始吧。

简单看一下我们想要的Circos图长啥样：

Fonio millet genome unlocks African orphan crop diversity for agriculture in a changing climate

大概就这样，每一圈代表一种信息。
现在就开始我们自己的图片绘制吧。
首先准备输入文件

xxx.cds
xxx.gff
xxx.fa

先做最内圈的共线性，用jcvi做

#只截取gff中大片段的LG信息（组装的时候还有很多contig,影响画图）
grep "^LG" Fsr.genome.gff > f.gff
#将gff转为bed格式
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA f.gff -o f.bed
#鉴定共线性区块（f.cds f.bed在当前目录下）
python -m jcvi.compara.catalog ortholog f f --no_strip_names
#得到我们需要的输出文件 f.f.anchors f.bed

之后我们就该做circos了，目前打算绘制基因个数，重复序列含量，GC含量，就这些吧，需要再添加好了。
具体的步骤如下：（因为一些原因具体代码不方便透露，有需要私聊哈，视情况而定）

#计算染色体长度
#生成染色体文件 7列
#生成窗口文件， 窗口大小50Kb
#计算每个窗口平均GC含量
#计算每个窗口基因条数
#计算每个窗口重复序列含量
#共线性模块鉴定

所有的Circos输入文件就准备好了，除了输入呢，还有几个配置文件，根据需求和其他教程自己配置哈，这里不聊了。

最后运行Circos

circos -conf f.conf

要得到一个漂亮的图还是需要不断调试的。