【R语言】DAVID KEGG富集分析结果可视化

小编前面也用了好几期的内容来给大家分享如何零代码做GO和KEGG富集分析,主要用到的是DAVID这个网页工具,并且零代码展示GO和KEGG富集分析的结果,主要用到的是Excel。

1.基因富集工具DAVID介绍(一)-基因ID转换
2.基因富集工具DAVID介绍(二)-KEGG富集分析
3.基因富集工具DAVID介绍(三)-零代码展示KEGG富集结果
4.基因富集工具DAVID介绍(四)-GO富集分析及柱形图展示

5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG

6.零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC

可能有人会觉得Excel画出来的图不是那么好看,并且只能画柱形图。如果有一些R基础的话,我们可以绘制出一些更精美的富集分析图。前面小编也给大家介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO和KEGG富集分析视频讲解

也给大家演示过如何使用R来绘制四种不同风格的GO和KEGG富集分析图

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

那么DAVID富集分析的结果,我们能不能用R来展示呢?答案是肯定的。

在上一期的内容里面我们就给大家介绍过

☞【R】四种风格展示DAVID GO富集分析结果

今天我们接着来讲讲,如何使用R来展示DAVID KEGG富集分析的结果。其实最关键的一步是如何将DAVID富集分析的结果读到R里面,并且整理成绘图所需要的的数据格式。

我们还是会用paper中经常会看到的两种方式来展示DAVID KEGG富集分析的结果。关于DAVID的使用,以及KEGG富集分析结果下载请参考

☞基因富集工具DAVID介绍(二)-KEGG富集分析

1. 气泡图

2. 柱形图

完整代码☟☟☟

【R语言】DAVID KEGG富集分析结果可视化

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