第一章 明朝覆亡后的全国形式
明朝最后一个皇帝朱由检，李自成的大顺军属于农民起义军， 满洲贵族的清兵
起初： 大顺军势头最强，但由于政治和军事上的事物，对真个局势的影响极为巨大，最终丢失了历史给予的统一全国的机会。
政治上：大顺军势力中很大一股是由多数明朝官绅地主投靠而来，关键时刻没有清醒的认识导致跟不上形势，继续对投靠来的官绅地主追赃助响，这是大顺军被汉旅官绅勾结满洲贵族所扼杀的一个重要原因。
军事上：缺乏长远的战略眼光，居然没有把清兵当成明朝覆灭后的对手来重视，进而兵力部署上对清兵没有防备（特别是山海关），加上没有安抚好投靠过来的吴三桂等，最终在山海关战役中失败，而不得不西撤。战败消息流出后，原大顺管辖区内的明朝官绅纷纷叛乱。
而清军占领北京后，努力争取汉族缙绅势力，使其迅速站稳了脚跟，也为征服全国奠定了基础。
李自成宽厚有余，警惕不足，往往任用刚刚投降过来的明朝将领率领原部兵马独当一面。结果风向一转，叛乱四起，终致土崩瓦解，教训是非常深刻的。
第二章 弘光朝廷的建立
崇祯帝（朱由检）在北京自尽后，淮河以南的大部分区域还是在明朝的管辖势力内，弘光朝廷就是在这种情况下在南方成立的，但由于定策问题（文官史可法当断不断加上马士英的政治投机，导致朱由崧乞援于武将们），最终导致朝廷受到武将们的胁制，内斗不断，不图进取。
而清朝由于刚开始强推的剃头政策等，失了民心，在大顺军失败后进而收复河南山东等地也是困难重重。民心仍然倾向于大顺政权，自发起义抗清。而很多官绅则是打着“复明”的旗号不愿归附清势力。
第三章 弘光朝廷的偏安江淮
三方势力（弘光朝廷以南京为中心，清军以北京为中心，大顺军以西安为中心）的对峙，大顺军被弘光朝廷和清军视为死敌。
而弘光朝廷的基本国策则是期盼借用清兵扫灭大顺军，与清军达成协议输送物资等为其助力。弘光朝廷在清军态度转变之后（要求弘光朝廷无条件投降），仍然抱有“连兵西讨”的愿望，企图在镇压大顺军后两国世通盟好。弘光朝廷的软弱，导致很多愿意复明的官绅因没有明的兵力保护，而最终不得不降清；也导致清军能安心地举全部兵力同大顺军作战，因为没有后顾之忧。
第四章 大顺政权的覆亡
大顺军与清军的潼关战役，大顺军败被迫南撤，由于路线不同，形成了东（李自成亲自率领的主力）、西（原陕北防守的大顺军）两大集团。东路连续遭到清军重创后，行至湖北通山县九宫山下时，李自成亲自带领少数卫兵察看地形时，遭到当地地主武装（在不知道这就是大顺皇帝的情况下）的袭击而身亡。
第五章 弘光政权的瓦解
弘光朝廷在风雨飘摇中建立，君臣不作为、党争不断忙着权力再分配导致内耗。弘光皇帝的昏庸荒淫无作为；左良玉军阀佣兵割据，勇于虐民怯于大战，心中既无朝廷也无百姓；史可法的才不配位；几大藩将凭借“定策”之功挟制朝廷无报国之志，只关心自己的荣华富贵。最终清不费吹灰之力，多数将领纳降，朱由崧被俘，朝廷土崩瓦解。朱常淓监国后主动降清。
第六章 清廷统治者推行的民族征服和民族压迫政策
清最高统治者摄政王多尔衮对形势判断失误，以为两大对手大顺和南明被彻底打垮，暴露了之前为取得汉族官绅而有所收敛的征服者面貌。开始全面推行民族压迫和民族歧视政策，“扬州十日”、“嘉定屠城”等悲剧不断发生，反而激起了汉族人民的顽强抵抗。最终被迫在政策上做出部分调整。
由于剃发令的再次强行推行，清廷失去了以较少代价实现统一的机会（大顺军余部以不剃头为条件有意归附清廷，很多地方抗清斗争不是始于清廷接管之时，而是起于剃发令颁布之日）。
圈地令的推出后，又有所谓的“投充”（满洲贵族奴役汉族投充旗下为奴），“一自投充与圈占，汉人田地剩无多”正是当时的现状。极度的民族利己主义（崇满歧汉）和倒退的奴隶制，满洲贵族旗下汉奴大批逃亡，随之而来的是更严厉的“缉捕逃人法”。
第七章 各地抗清运动的兴起
弘光朝廷覆亡后，清廷统治者颁发的剃头改制令和其他的崇满歧汉政策，使越来越多的农民士绅都自发组织抗清运动，参加到起义军的队列，清廷有难以招架之势。
第八章 隆武政权同鲁监国的争立
弘光朝廷覆亡后，潞王朱常淓降清后，在消息不灵的混乱状态下，唐藩朱聿（yu,四声)键（隆武政权）、鲁藩朱以海以远系宗室先后被福建、浙东官绅将领拥戴继统，出现了两个小朝廷的局面。两方互相挖墙脚，各自的政权内部也引起了严重纷争，虽然都是反清复明，但是很大一部分精力却消耗在内部矛盾上。
第九章 隆武政权的作为和覆败
隆武帝朱聿键虽有大志，基本政策措施大体上也是正确的，联农抗清、消除党争、整顿吏治严惩贪污体恤百姓、个人品德也过硬，是南明史上较有作为的君王，奈何手中力量薄弱（调不动郑芝龙何腾蛟等兵力），最终不敌清军汀州遇难。
第十章 大顺军联明抗清
东路大顺军在李自成遇害后，缺乏强有力的领导失去统一的指挥系统，在与何腾蛟等联合后遭到排挤，最后被迫与西路大顺军汇合。两路汇合后实力加强，后与隆武朝廷联合抗清。
第十一章 大西军的经营云南
张献忠牺牲后，大西军在孙可望的领导下辗转进入云南。孙可望是一位难得的领导型人才，从下面几个方面加强建设，使得大西军迅速在云南站稳脚跟：
1.政权建设方面： 为了争取云南汉族官绅土司的支持，废除大西国号；惩治贪污，
2.经济政策上：刚入云南时由于粮饷问题，短时间内实行过打粮和追饷等办法。后改实行赋税政策，降低了原有的剥削率又能保证军队和政权的稳定收入； 还注意保护民间贸易，使用银钱；加强了对井盐的生产管理。
3.军事方面： 严肃军队纪律、加强训练、改善军需供应。
4.社会治安方面： 形势稳定后，放松了对居民的军事管制（刚入云南时是戒备措施，对居民实行户籍制度和行动限制）；还注意争取与地主土绅的合作。
5.少数民族和宗教方面： 注意笼络各少数民族的统治者，并提供部分兵力和粮饷；宗教上，由最初的对佛学击碎行为改为带头铸造等。
第十二章 郑成功起兵与鲁坚国在浙闽抗清
郑芝龙降清后并没有得到重用，反而被设计遭到软禁。郑成功（郑芝龙之子）和郑鸿逵（郑成功叔父）主张抗清，并投入抗清前线，把东南沿海的抗清势力汇合成一支劲旅。
浙闽各地百姓迫于清朝暴虐统治，掀起抗清斗争，鲁监国朱以海不失时宜地组织这些抗清力量，队伍不断壮大，逐渐形成了以舟山群岛为中心的武装活动。
第十三章 永历朝廷的建立
隆武帝朱聿键牺牲后，南明又出现两个小朝廷的争立： 桂王朱由榔的永历朝廷和朱聿鐭（yu,四声）（朱聿键之弟）的绍武政权。最终，仅存40天的邵武政权被清军攻败而亡。永历朝廷在大西军余部和明朝官僚联合起来拥护下得以存续。
第十四章 郑成功在闽粤沿海地区的军事活动
郑成功在选拔和驾驭将领上很有才能，还非常注意练兵，是一位真正的统帅之才。但他从自身利益出发，只顾在南明政权内部发展郑氏集团，对已属于南明范畴的地方进行屯田夺粮。他的弱点是少年得志，性格刚毅，遇事易冲动且不能容忍下级对他的不尊重，最终导致海军将才施琅降清，使清廷能够建立一支足以同郑军相抗衡的水师。
第十五章 吴胜兆、王光泰等的反清
1647年，明朝将领吴胜兆降清后又反清，宁波“五君子”反清，王光泰（王光恩、王光泰、王昌）兄弟在襄阳等地反清。
第十六章 金声桓、李成栋的反清
明朝将领降清后立下汗马功劳却在重满轻汉的歧视政策下又反清。
1648年（顺治五年、永历二年），明朝将领金声桓、王得仁在江西反清。这些将领不断反清给了永历朝廷得以延续的机会，然后也体现除了朝廷的无能和缺乏战略眼光，把时间和精力都内耗在加官进爵等事务上。最终，1649年，这些将领接连战死或覆亡。
第十七章 北方各省的反清运动
江淮以北同样存在着尖锐的民族矛盾和阶级矛盾，大顺政权在北方败落后，清廷推行的民族歧视政策（如剃发改制、重满轻汉等），导致北方也又越来越多的反清运动，如山东谢迁起义，榆园军的反清斗争，京师王道士案等，姜瓖领导的山西反清运动，王永强等在陕北的反清，甘肃回民的反清运动等。
第十八章1648——1649年湖南战局
南明内斗不断，将领何腾蛟企图窃取复湘首功，结果久攻不下。何为了泄私愤和争头功，竟然对同是南明的陈友龙部偷袭，导致陈友龙军在内斗中被打垮，不仅进攻长沙的计划也破灭，连已经收复的宝庆也被清军反攻占领。
何腾蛟为了争夺堵胤锡的复湘首功，竟然把即将攻下长沙的复湘主力忠贞营（原大顺军）调赴江西，好让自己带领的军队来收复即将到手的长沙，最终因为战斗力不强又调度失灵终失湖南。
第十九章 永历朝廷内部的党争
楚党和吴党
楚党： 幕后人物瞿式耜（qūshìsì），李元胤，出头露面人物袁彭年、丁时魁、蒙正发，后面三人都是湖广人，所以称为楚党。是与李成栋集团经过矛盾摩擦转而互相勾结的一个政治派别。
楚党五虎（袁彭年、刘湘客、金堡、丁时魁、蒙正发）把持朝政，招权纳贿。
吴党： 堵胤锡、陈邦傅、王化澄、朱天麟等，是楚党把妨碍独家揽权的势力指派为结党营私。虽然吴党出发点不一样（部分正值大臣考虑的是抗清大局，另一部分如陈邦傅等考虑的是维护自己的地位），但都主张南明朝廷联合大顺军和大西军。
吴楚两党之争，原是东、西军阀的政权，后来分歧衍生为对待原农民军的态度上。
永历朝廷“打虎运动”，实是各勋镇为争夺朝廷权力的一场内讧，永历帝进入陈邦傅地盘后，五虎均未能幸免。
第二十章 清军攻占桂林、广州
1650年（永历四年，顺治七年），清军攻克广州占领桂林，永历帝朱由榔逃难南宁。
第二十一章 大西军的联明抗清
孙可望经营云南后，李定国、刘文秀手握重兵，并不能唯孙可望之命是从，孙可望的领袖地位并没有真正形成，于是通过向永历朝廷申请加封秦王，既能以朱明王朝为旗帜获得更多同盟，又能挟制李刘二人。但阶级的偏见和朝廷掌权人物的鼠目寸光，导致加封千难万阻。
四川、贵州处于军阀割据自雄的局面，永历朝廷给大小军阀加官进爵进一步加剧军阀的割据，内战不断自相残杀。
大西军刘文秀出兵四川，割据自雄的大小军阀被消灭或收编，同大顺军余部为主体的夔东抗清建立了联系，四川大部分地区成了稳定的抗清基地。
大顺军余部同南明巡抚堵胤锡达成联合抗清协议，上疏隆武帝赐名“忠贞营”。但处境相当困难，在永历期间，无论是东勋（李成栋养子李元胤及杜永和等）还是西勋（庆国公陈邦傅以及瞿式耜等）都唯恐忠贞营地位上升威胁到自己原有的权势，想尽办法反对和破坏。1650年，忠贞营在永历朝廷已经很难立足，被迫先后北上转移，到达夔东后，队伍基本会合，同集结在这里的其他抗清武装被称为夔东十三家。
1651年，清军南下，南宁危机，孙可望派人护卫永历帝，并借机挟天子令诸侯，正式自称“国主”，建立行宫六部等。这一举动引起了原大西军主将李定国、刘文秀等的不满。
第二十二章1651——1653年浙闽赣抗清势力的消长
舟山战役后，鲁监国等官员和军队借居于郑成功的控制区，郑成功对鲁监国军队采取容纳和逐步改编的方针，部分兵将转投郑成功部下。1652年朱以海放弃监国名义，唐、鲁之争基本化解。
1652年郑成功围攻赣州失利后，进而转至海澄，海澄战役胜利。
江西义师的抗清活动，邵武之役失败后，永历帝应义军首领揭重熙的请求派出救兵。李成栋得知揭重熙率义师入赣时，竟加以截杀（他把江西视为禁脔不用徐他人插手）。
第二十三章 孙可望部署的湘、桂、川全面反攻
孙可望、李定国收复湖南，李定国进而收复桂林、衡阳，刘文秀收复四川绝大部分地区，最终保宁战役失败，被孙可望下令解除兵权。孙可望缺乏统筹全局、妥善处理内部关系的胸襟，最终逼走李定国。
第二十四章 清廷加强推行以汉制汉政策
满洲八旗兵实力的下降，清廷在对南明各派抗清势力的战略部署和战术安排上更多的采取以汉制汉的方针，再次启用洪承畴经略五省（湖北、湖南、广东、广西、云南贵州等）。
清廷利用处于软禁状态的郑芝龙（郑成功父亲）对郑成功进行招抚，郑成功既不是明纯臣，也不是孝子，他首先着眼于维护自己为首的郑氏家族和东南沿海部分汉族绅、民的利益。最终招抚失败，转而武力对抗，郑军战败。
第二十五章 李定国的两次进军广东
1653年，李定国攻占梧州，师出广东，肇（zhào）庆战役被击退后，由于郑成功按兵不动没有如约进行东西合击和郝尚久的杳无消息，迫使李定国撤回广西。1654年，再次进军广东，郑成功仍然未能按期出兵，再次失败。
郑成功的“始终为明”并不意味着他愿意毫无保留地服从明朝廷的调遣，而是因为清廷没办法给他相对的独立性，他只能做一个明臣，但只能“摇奉”不能“受制于人”。
第二十六章1654年会师长江的战略设想
张名振张煌言等主导的长江战役是由内地反清复明人士联络东西、会师长江、恢复大江南北计划的一个组成部分，在西南永历朝廷和东南海上水师之间搭桥的主要策划人是钱谦益和姚志卓。由于西南和福建的抗清主力没有出动（孙可望企图称帝，重新启用刘文秀来配合长江战役，李定国率兵救驾永历帝，刘文秀以稳定政局为首务搁浅会师长江计划），最终会师长江战役失败。
第二十七章 李定国迎永历帝入云南和孙可望的降清
永历朝廷为了摆脱孙可望的挟制，秘密联络李定国，事败后主要参与者遭到了孙可望的报复，这就是南明史上的“十八先生案”。最终，李定国把永历帝从孙可望控制下的安龙迎接到云南昆明。李定国、刘文秀给孙可望留有余地企图摒弃前嫌公图复兴，但孙可望为了恢复自己独揽大权的地位不惜动用武力最终战败而降清。
孙可望降清后，李定国在善后事宜上处理不当导致他与刘文秀之间的裂缝显露出来，再加上执掌朝廷大权后用人行政上的失误，严重消弱了同清方接境地区的防御力量。
第二十八章 清军大举进攻西南及永历朝廷的播迁
李定国在孙可望降清后的举措失当，南明西南战局（湘西、四川、广西）被清军迅速瓦解。永历朝廷不得不播迁（李定国用人不明，播迁由入川改为西撤），为了缓解永历朝廷的危局，李定国主张联络夔东十三家进攻重庆，重庆之役战败。
第二十九章 郑成功、张煌言长江之役
郑成功为扩大东南抗清基地展开长江战役部署，与张煌言分兵作战，张煌言负责招抚纳降归附的官绅等，自己负责进攻南京。张煌言取得巨大成功，
郑成功最终因用兵不当以南京战役失败而告终。
第三十章 永历朝廷的覆亡
永历帝西撤时，在李定国等还在云南西部边境地区组织抗清时，在马吉翔之流撺掇下流入外邦缅甸，多数跟随的文武官员毫无失国忧君之念，过着苟且偷安、苦中着乐的生活。
清廷对西南明军的剿抚政策，四川、云南边远地方等纷纷瓦解或降清，清军如滇后荼毒百姓等引起了各族百姓极大反感，不少人如那嵩、高应凤、许名臣等在元江领导下进行抗清运动，但都以失败而告终。
两广抗清义师处于孤立无援的境地，先后被清军剿灭。
永历帝进入缅甸后，李定国等多次组织救援，但永历帝在马吉翔等怂恿下为了换取缅甸欢心竟然下令对营救的官兵进行剿歼。最终，永历帝被缅甸方献给清军，在昆明被处死。缅甸为了配合清军消灭残明势力以便保境安民，组织了“咒水之难”谋杀明室官员等。
第三十一章 郑成功收复台湾
明末，荷兰殖民者对台湾实行野蛮的掠夺和残酷的统治。
郑成功在南京战役失败后，目光转向了台湾，他需要这块足以解决几十万兵员的粮饷物资供应基地，同时他获悉荷兰在台湾的兵力部署情况。最终荷兰兵败，殖民者全部被赶出台湾，郑成功等维护了民族的尊严和国家的利益。郑成功病逝时仅38岁。
南京战役后，清廷为切断义师与各地居民的联系而推出的迁海政策（大规模强制迁徙濒海居民），使得大批居民惨死，也对社会经济的恢复和发展造成了阻碍（如渔业盐业等，对外贸易的暂停等）。
鲁王朱以海病死，张煌言杭州遇害。
第三十二章 夔东抗清基地的覆灭
1661年永历帝被俘，次年李定国病死后，大西军为主体的西南抗清斗争基本结束。
1662年，清廷组织三省会剿（四川、湖广、陕西）夔东十三家（夔东：
大致长江三峡地区），直到1664年夔东抗清基地被完全摧毁，作为南明史的结束。