linux比对nt数据库,linux BLAST序列比对 （nt/nr库）

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。有时我们希望把程序插入到一个流程中，例如搜索一个大量的查询序列，例如你的测序数据含有大量的污染片段，你想知道这些片段比对到了什么物种。

blast软件安装

从NCBI下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/。下载2.11.0 linux版本，下载并解压，解压之后BLAST就安装好了。用户需要设置环境变量，目的是为了告诉系统在那里可以找到安装好的BLAST软件。

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz.md5

md5sum -c ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz.md5

tar -zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz

#加入到环境变量

export PATH=$PATH:$PWD/ncbi-blast-2.11.0+/bin

nt/nr fasta下载

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.