生信学习Day3笔记(linux环境下的软件安装)--立小里

linux环境下的软件的安装

详细教程可参考豆豆生信星球生信小白第3天-linux的App Store

思维导图

1、conda — “linux的APP story”

在Linux下载和安装软件可比Windows复杂多了，不仅安装的方法不统一，而且还得配置环境，而conda就是Linux最方便快捷的软件下载器。它的作用就相当于Windows的App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装还不用配置环境。日常生信分析使用小而精的Miniconda即可，安装了Miniconda，就可以使用conda命令安装任何其他软件工具包并创建环境。

2、在服务器上下载miniconda

1）百度搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

搜索“miniconda 清华”

2）进入到miniconda,找到最近时间的linux版本64-bit（x86_64）和32-bit(x86)版本，根据服务器的版本选择下载对应的包（在服务器中输入uname -a可查看）

bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ uname -a
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

进入到miniconda

找到最近时间的linux版本64-bit（x86_64）

3）右键复制下载链接，到Linux中wget链接下载到文件夹专门储存软件包的文件夹biosoft下（最好新建一个存放软件的文件夹）

bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Miniconda3-latest- 100%[================>]  89.87M  2.51MB/s    in 30s
bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ ls
Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3、安装和配置miniconda

1）安装miniconda
通过bash命令安装下载的脚本，中间会出现很多的版权信息，按回车跳过它们
当你看到一行“Do you accept the license terms? [yes|no]”说明安装要开始了【注意看下图的操作，程序让你enter就enter，让你yes就yes】

bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Welcome to Miniconda3 py38_4.9.2
In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
...
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>
Please answer 'yes' or 'no' 
>>> yes
...
If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup,
   set the auto_activate_base parameter to false:
conda config --set auto_activate_base false
Thank you for installing Miniconda3!

2)激活conda环境

bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda
usage: conda [-h] [-V] command ...
conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.
Options:
positional arguments:
  command
    clean        Remove unused packages and caches.
...

命令行输入conda，出现conda的说明书表示安装成功了
安装有问题，可以参考演示视频【无声版】
链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k
3）添加镜像
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速
把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车

(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ # 使用清华镜像
(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --set show_channel_urls yes

4、使用miniconda安装、搜索、卸载和查看生信软件

1） 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda list
# packages in environment at /home/bio01/miniconda3:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main    defaults
brotlipy                  0.7.0           py38h27cfd23_1003    defaults
ca-certificates           2020.10.14                    0    defaults
certifi                   2020.6.20          pyhd3eb1b0_3    defaults
cffi                      1.14.3           py38h261ae71_2    defaults
chardet                   3.0.4           py38h06a4308_1003    defaults
...

2）搜索conda软件 conda search fastqc(以fastqc为例）

(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda search fastqc
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel
fastqc                        0.10.1               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.10.1               1  anaconda/cloud/bioconda
...

3）安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】
默认安装最新版本，如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda install fastqc -y

4）卸载软件 conda remove fastqc -y

(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda remove fastqc -y

5、定制conda的分身（为不同软件或者不同软件版本配置不同环境）

• conda 环境
  在具体的生信分析中，我们需要分析多个项目，可能不同项目需要不同的软件，另外软件之间的结合也是有版本要求的。于是我们就可以根据分析的项目配置不同的环境安装不同的软件，也就是不同conda environment

• 查看当前conda存在的环境

(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
base                  *  /home/bio01/miniconda3
#环境前面带*指的就是默认的当前环境

• 创建conda环境
  下面命令表示建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，并同时在这个环境下安装软件fastqc、trimmomatic这两个软件

(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

• 激活指定的conda环境
  我们需要激活新的conda环境才能在新的环境下使用对应的软件进行分析，使用conda activate rna-seq ，会进入到我们新建的rna-seq环境下，并且在用户名前面多(rna-seq)，表示当前环境是conda的rna-seq

(base) bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
(rna-seq)bio01@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$