1、RNAseq (1) 生信分析软件安装—conda的安装与使用

conda简介

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。

安装conda

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（这里的常用不代表你常用），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。

下载网址

conda官网：https://conda.io/miniconda.html

选择适合自己的版本，用wget命令下载。

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装命令：

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行

一路yes，安装成功

安装完成

激活conda

找到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate

给activate添加一下权限才能使用

#添加权限
chmod 777 activate 

接下来启动conda

. ./active
#这两个点不是连在一起的

需要注意一下的是/active前面的两个点之间不是连着一起的.
需要分开，其实这条命令也相当于source ./active

当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入conda list 命令就有反应了

conda list

以下是输入conda list 显示的结果

conda list

利用conda安装生物信息软件

安装命令:

 conda install samtools

搜索需要的安装包:

提供一个网址,用于事先查找想安装的软件存不存在
conda available packages

当然, 也可以用这个命令进行搜索

conda search samtools

提示错误，PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:，主要是没有为conda添加相应的下载软件安装包的channel

添加生物信息分析常用的channel，添加的是清华的镜像channel

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

另外对channel常用的操作

显示安装的频道
 conda config --set show_channel_urls yes 

查看已经添加的channels
conda config --get channels

已添加的channel在哪里查看
vim ~/.condarc

添加完channel之后继续下载

利用conda安装生物信息软件

conda install samtools

提示安装进程，显示安装完成

安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置：

 which samtools

显示samtools的安装路径

搜索目前软件包有哪几个版本

conda search samtools

如需要安装特定的版本:

conda install 软件名=版本号
conda samtools=1.10

这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。

查看已安装软件:
conda list

更新指定软件:

conda update samtools

卸载指定软件:

conda remove gatk

退出conda环境
退出也很简单，之前我们是. ./activate 或者 (. ~/miniconda3/bin/activate)现在退出只要:

. ./deactivate

就退出当前的环境了

参考链接