手把手教你做单细胞测序数据分析（二）———数据读取

相信经过大家这一个礼拜的学习，已经能够熟练的掌握R语言与Linux，现在我们就正式开始课程！有疑惑欢迎后台交流。

一、代码：

library(multtest)
if(!require(multtest))install.packages("multtest")
if(!require(Seurat))install.packages("Seurat")
if(!require(dplyr))install.packages("dplyr")
if(!require(mindr))install.packages("mindr")
if(!require(mindr))install.packages("tidyverse")
#####自动读取cellranger(LINUX)输出的feature barcode matric
rm(list = ls())
pbmc.data <- Read10X(data.dir = "filtered_gene_bc_matrices/hg19/") 
#自动读取10X的数据，是一些tsv与mtx文件
pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data, project = "biomamba")

####仅有一个稀疏矩阵时的读取方法#####
matrix_data <- read.table("single_cell_datamatrix.txt", sep="\t", header=T, row.names=1)
dim(matrix_data)
seurat_obj <- CreateSeuratObject(counts = matrix_data)

######读取RDS文件############
rm(list = ls())
pbmc <- readRDS("panc8.rds")
saveRDS(pbmc,"pbmc.rds")


#############
library(tidyverse)
str(pbmc)
library(mindr)
(out <- capture.output(str(pbmc)))
out2 <- paste(out, collapse="\n")
mm(gsub("\\.\\.@","# ",gsub("\\.\\. ","#",out2)),type ="text",root= "Seurat")

二、视频：

保姆级教程 《手把手教你做单细胞测序数据分析》-第二讲 数据读取

三、所需文件：打开链接中的R脚本即可运行

链接：https://pan.baidu.com/s/1bX8dfe4ncycbrXh3X4Emew

提取码：1234

四、本系列其他课程

手把手教你做单细胞测序数据分析（一）——绪论

手把手教你做单细胞测序数据分析（二）——各类输入文件读取

手把手教你做单细胞测序数据分析（三）——单样本分析

手把手教你做单细胞测序数据分析（四）——多样本整合

手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释

手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化

手把手教你做单细胞测序数据分析（七）——基因集富集分析

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