pi分析

单个群体的基因组选择信号分析(pi分析)

• Pi值
• Tajima D;

Pi主要用来衡量每个site的nucleotide divergency.（π）

vcftools --vcf test.vcf  --window-pi 3000  --out Tenera

test.vcf为输入文件andTenera

Tajimi's D是一种统计检验。

它主要用来区分一个DNA sequence是random还是non-randon进化的，是不是directional selection。T=0说明没有进行选择，T>0说明sudden population contraction，而<0则说明population expansion after a recent bottleneck。

vcftools --vcf test.vcf  --TajimaD 3000  --out Tenera