linux环境下安装R语言及scDesign3包（无root权限）

简单来说，想使用 scDesign3 这个软件，它是基于R语言的，在本地使用内存受限（远大于16G），因此想在linux环境下使用

1、conda安装R语言（参考Linux 中conda 安R_conda 安装r_生信~鱼的博客-CSDN博客）

​
conda create --name Renv

conda activate Renv

​conda install -c conda-forge r-base

which R

cd your_path/anaconda3/envs/Renv/lib/R/etc

vim Rprofile.site
#输入以下内容
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

2、安装R语言的包

如果没有root权限，非常不建议使用install.packages安装，因为会报错，并且错误没办法解决

比如：

​
install.packages("devtools")

会有很多报错
Warning in install.packages :
  installation of package ‘textshaping’ had non-zero exit status

然后安装textshaping

报错：No package 'fribidi' found、No package 'harfbuzz' found

继续解决这两个包，发现需要
yum install harfbuzz-devel fribidi-devel
才能解决

没有root权限，也就不能用yum，只能源码安装，但源码安装太困难

推荐使用conda安装，在以下网站输入要安装包的名称，然后对应安装

https://anaconda.org/

比如安装devtools，可以使用conda install -c conda-forge r-devtools

即可成功，也不需要别的依赖

3、安装scDesign3 

devtools::install_github("SONGDONGYUAN1994/scDesign3")

这是作者给出的链接，我是直接卡住不动了，因此，我们可以避开这个问题

library(devtools)

install_github("SONGDONGYUAN1994/scDesign3")

成功！