persistent_homology_cpu.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so: No such file or directory类似问题的解决思路

这篇博客也就是简单记录一下。由于工作需要，想尝试一下这篇论文的工作：

https://github.com/ljj-cyber/TopoGDN

发现很多人真是开源不用脑子，自己也不测试一下（当然不是针对这个作者），只是感觉大家都太不认真了（草台班子太严重）。总结一下遇到的问题：

首先，看作者这里介绍：

To install this project, you need to install the following Python libraries:

pip install torch==1.13.1+cu117
pip install torch-cluster==1.6.0+pt113cu116
pip install torch-geometric==1.7.1
pip install torch-scatter==2.1.0+pt113cu116
pip install torch-sparse==0.6.15+pt113cu116
pip install torch-spline-conv==1.2.1+pt113cu116
pip install pyg-lib==0.2.0+pt113cu116

可以猜出来其环境是PyTorch 1.13.1，CUDA是11.7。首先吐槽一点，难道不应该是在conda之类的虚拟环境里安装吗？我首先创建一个虚拟环境：

conda create -n GDN python=3.7

 至于为什么是Python 3.7，等会解释。接下来进入到这个环境中，运行：

conda install cuda -c nvidia/label/cuda-11.7.0

来安装CUDA，参考这里：Windows 11怎样在不同Anaconda环境中安装不同版本的CUDA_anaconda不同环境安装不同cuda-CSDN博客

接下来安装PyTorch：Previous PyTorch Versions | PyTorch：

conda install pytorch==1.13.1 torchvision==0.14.1 torchaudio==0.13.1 pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia

安装好PyTorch之后就可以尝试运行：

pip install torch-cluster==1.6.0+pt113cu116

另外吐槽一点，上面不是CUDA 11.7吗？为啥后面都改成CUDA 11.6对应的版本了，个人感觉11.7应该是可以的。

结果报下面的错误：

ERROR: Ignored the following versions that require a different python version: 1.6.2 Requires-Python >=3.8; 1.6.3 Requires-Python >=3.8
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement torch-cluster==1.6.0+pt113cu116 (from versions: 0.1.1, 0.2.3, 0.2.4, 1.0.1, 1.0.3, 1.1.1, 1.1.2, 1.1.3, 1.1.4, 1.1.5, 1.2.1, 1.2.2, 1.2.3, 1.2.4, 1.3.0, 1.4.0, 1.4.1, 1.4.2, 1.4.3a1, 1.4.3, 1.4.4, 1.4.5, 1.5.2, 1.5.3, 1.5.4, 1.5.5, 1.5.6, 1.5.7, 1.5.8, 1.5.9, 1.6.0, 1.6.1)
ERROR: No matching distribution found for torch-cluster==1.6.0+pt113cu116

这些作者，自己都不在一个clean的环境里测试一下吗？？

解决方法我在上一篇博客里说了：pip报类似No matching distribution found for torch-scatter==2.1.0+pt113cu116的一种解决方案_error: no matching distribution found for jieba-CSDN博客

pip install torch-geometric==1.7.1

这个是可以运行的，但其他的lib，可以从上面博客里说的链接里下载whl文件，然后运行：

pip install torch_cluster-1.6.0+pt113cu117-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl
pip install torch_scatter-2.1.0+pt113cu117-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl
pip install torch_sparse-0.6.15+pt113cu117-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl
pip install torch_spline_conv-1.2.1+pt113cu117-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl
pip install pyg_lib-0.2.0+pt113cu117-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl

本想着这下就搞定了：

git clone https://github.com/ljj-cyber/TopoGDN.git
cd TopoGDN
python main.py --dataset msl

还是先报了一个（呵呵呵呵呵）：

ModuleNotFoundError: No module named 'matplotlib'

这个简单，但是下一个报错我就不知道怎么处理了： 

ImportError: /TopoGDN/torch_persistent_homology/persistent_homology_cpu.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so: cannot open shared object file: No such file or directory

这个错嘛，感觉是少了这样一个.so的文件，也就是从这里，我们可以看出来作者对应的python版本是3.7，大家可以搜一下自己系统里的对应文件：

find / -type f -name "*cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so"

可以看到有很多（如果有Python 3.7环境的话）。

但是找不到上面这个.so文件，所以我们需要自己生成一下。仔细看一下作者的文件夹，有torch_persistent_homology和repo/torch_persistent_homology两个文件夹，但是这两个文件夹作者完全没有解释啊。下面简单总结一下解决这个问题的步骤，不想了解的朋友可以直接看后面的结论了：

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首先，直接在google里搜索“persistent_homology_cpu”，可以看到相关的网页很少，但是第一个GitHub上的讨论的确是相关的：https://github.com/BorgwardtLab/TOGL/issues/6

顺着这里的讨论，可以看到这个repo：https://github.com/ExpectationMax/torch_persistent_homology

从上面的讨论可知，应该编译一下上面这个repo就可以得到缺少的这个.so文件，可是有两个问题， 一是上面这个repo缺少setup.py文件啊（参考这里的介绍：将Python脚本编译为so文件的方法，并实现调用_python main 编译成.so-CSDN博客）；第二个问题是，上面这个repo竟然把文件名写错了：perisistent_homology_cpu.cpp ——多了一个i，搞笑的是，TopoGDN的作者还在这里提醒原作者：There is a typo in your filename · Issue #3 · ExpectationMax/torch_persistent_homology · GitHub

呵呵呵呵呵，这些开源的哥们自己都不看看吗？这么弱智的错误也会犯？ 

关于第一个问题，虽然上面这个repo没有setup.py，但是TopoGDN的作者实际上是加上了setup.py的（虽然自己一句也没提起什么作用）。

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根据上面的讨论，其实解决方法就有了：

1. clone上面这个repo：

git clone https://github.com/ExpectationMax/torch_persistent_homology.git

2. 把TopoGDN里的setup文件拷贝到这个repo目录下。

3. 将这个repo里的cpp文件名纠正一下，也就是删掉i，变成：persistent_homology_cpu.cpp

4. 运行：

python setup.py build_ext --inplace

（做完这些步骤真是醉了，为啥开源的时候就不能有点责任心，自己在一个干净的环境上配置一下？非得让人猜究竟怎么做）

（如果报缺少gcc之类的错，可以参考上面那篇博客）做完这一切，我们就在torch_persistent_homology/build/lib.linux-x86_64-cpython-37/torch_persistent_homology/persistent_homology_cpu.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so 目录底下得到了这个.so文件，那么把这个so文件拷贝到刚才报错的路径下，然后再运行：

python main.py --dataset msl

结果还是报错：

ModuleNotFoundError: No module named 'topognn'

呵呵呵呵呵呵呵，这是开源了个毛线啊。 

仔细看了一下，把model/topoPooling.py文件里的

import topognn.coord_transforms as coord_transforms

换成：

from . import coord_transforms

即可。再运行一次，报错：

ModuleNotFoundError: No module named 'torchsummary'

再把没装的lib都装一下：

pip install torchsummary
pip install torchstat

结果竟然还是报错：

main.py: error: unrecognized arguments: --dataset msl

看到这里我无了个大语，原来要运行：

python main.py -dataset msl

然后就可以看到结果了。不得不说，这个repo的质量也太差了，呵呵呵。

就简单记录这么多，想着有朋友可能会遇到类似的问题（不一定是一样的过程，但是解决思路是相似的），就简单记录一下。再次呼吁，在论文里宣称自己开源的作者们，用点心吧！