FSL 安装教程

点击以下链接 查看 FSL 功能介绍
介绍一款 MRI&CT 图像预处理强大工具--FSL

这节主要介绍如何安装 FSL 工具。由于我 LINUX 服务器上早已安装成功，这次在 MacOs 系统上进行安装演示。其余系统基本一致，按照官方安装说明一步一步来即可。
预祝大家顺利安装。

FSL 下载

• 下载地址
  
  image
  
  下载步骤

1. 同意 FSL licence
2. 勾选
3. 填写个人信息，信息随意填写，不用真实信息
4. 选择安装系统

可以选择的安装系统很多，基本满足需求。

image

5. 点击注册

注册后回跳转到下载界面。

image

6. 点击下载文件。此处下载的是一个 Python 文件（fslinstaller.py）

安装 FSL

• 点击查看 官网 macOS 安装说明
• 微信gzh 可查看安装视频

1. 打开终端
2. 切换到 fslinstaller.py 文件的路径

我默认下载到 Downloads

cd ~/Downloads

3. 运行下载的脚本

该 fslinstaller.py 脚本执行FSL的安装，配置环境等，使用 Python2 运行它，Python2一般系统都会自带。不用特意安装。

为什么使用 python2, 问开发者去~~~~

python2 fslinstaller.py

运行过程中会提示: 你希望安装在此处吗？

敲回车就可以了，敲‘yes'没用

image

下载过程很慢，建议 翻个墙~~

image

我下载了一晚上，最后成功了。早上起来输了图中所示的电脑密码，几分钟就可以安装成功。安装好后需要退出终端，重新再打开终端进行下一步的检验。

4. 检验是否下载成功
   通过执行以下操作来测试环境和命令行工具是否设置正确：

• 启动一个新的终端会话
• 通过键入以下内容检查您的环境是否正确：

echo $FSLDIR

这应该显示您安装 FSL 的目录的名称。默认在：/usr/local/fsl

• 通过键入以下内容检查您的路径是否正确

flirt -version

应该显示：FLIRT version 6.0. 版本号可能不同

• 检查 miniconda 环境安装是否成功完成

which imcp

它应该显示如下一行：
/usr/local/fsl/bin/imcp
如果以上有不正确的地方，点击上面安装教程去查看解决方案。

image

虽然我这些全部通过，但是我敲 FSL 的命令时提示我：

DISPLAY is not set. Please set your DISPLAY environment variable!

这个问题出在哪其实很好找，上面我安装的时候有个【warning】，提示找不到 X11 window. 因此敲FSL的时候就打不开 GUI 界面，但是仍可以使用终端命令。比如，敲 fsleyes 就可以打开图像浏览器工具。

image

遇到这个问题，我们下载 XQuartz，安装即可解决。

XQuartz 项目是一个开源项目，旨在开发在 macOS 上运行的X.Org X Window System版本。它与支持的库和应用程序一起构成了 Apple 随 OS X 10.5 到 10.7 版一起提供的 X11.app。

XQuartz下载地址

image

下载好后，和平时安装软件一样安装好，再打开终端 > 敲 fsl 就有界面了。

image

其实，平时根本不会用这个界面，需要做什么都直接终端敲命令做，如果装不上界面也没关系。

以上是一个官方的安装教程，安装成功与否跟网络有很大关系。当然，相信总有人不会这么一帆风顺，总会遇到各种问题。如有问题，可以参考以下两个链接：

1. 官网 macOS 安装说明
2. 三种安装方法