4.1 biostar第四课 gene ontology

Gene Ontology 解决两件事

1. 注释，这个基因是啥
2. 功能，这个基因干啥

定义人类基因名的权威组织HUGO，我看到这里的时候一度怀疑这个组织有hugo boss做funder，纯属yy

Sequence ontology SO,

这个是解释我们平时看到的EST等等是啥个意思的。 一般来说只用 SO的term 而不用SO之间的relationship，
获取SO信息

URL=https://raw.githubusercontent.com/The-Sequence-Ontology/SO-Ontologies/master/so-simple.obo
wget $URL

注意 obo 格式是文本，且没有column

某个序列的归属用 is_a 关键字

目前总共2359个SO的term

重头戏GO

三大组分：细胞位置，分子功能（化学反应？），生物学功能（包含多步，一个化学反应完不成）
要看基因组中功能注释最多的基因
首先要获取两个文件，GO 和 GO association file

#获取 GO
wget http://purl.obolibrary.org/obo/go.obo

#获取GAF
wget http://geneontology.org/gene-associations/goa_human.gaf.gz

这个文件是动态变化的，在不断的更新，所以GO分析的时候获取最新版本的GO就显得尤为重要

GO分析套路

ORA，这个应该是最常见的了