解读Genome Browser FAQ

https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQgenes.html#ensRefseq 

其实在做比对的时候，会有不少的reference.那么这些Ref有什么区别呢。是不是都通用呢。其实，有可能用得不恰当，会对你的数据结果产生误差。好在今天机巧下去ucsc下载了一下鸡的基因组gff。然后发现了有3个那么多。
本来嘛，大小差不多我也就当作没看到了，但是这次差得那么多，就没办法了。要去盘它。

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这三个东西的差异何在呢？（下面还涉及到有GENCODE）
RefSeq transcripts比Ensembl/GENCODE transcripts小得多，RefSeq transcripts有自己的独立于基因组组装的序列，所以某些特定人群的变异可能在RefSeq中,并且完全不存在于参考基因组序列中。
RefSeq gene transcripts he UCSC Genes/GENCODE不一样，它可以和基因组不一样。因此，可以把它当作是novel或者不常见的突变基因来看待。
而UCSC比对的优势在于，它比其他的数据库更新得更频繁，而且是可用以前的数据库(GRCh37/hg19),但也因如此，它不够稳定，也不是官方的标准。

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GENCODE又包括Basic和comprehensive两个集合。大部分人使用basic就足够了。

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CCDS（The Consensus Coding Sequence Project）是基于RefSeq和Ensembl/GENCODE共同注释的，非
常保守，所以不想想着用来对比UTR区域和非编码转录本了。

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下面是几个转录本tracks的比较。以2019-3 hg38为例