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转载：GPL平台注释，如何从gene_assinment中挖出gene symbol

GPL平台注释，如何从gene_assinment中挖出gene symbol

原文出处

https://www.bioinfo.info/?/question/6112

在做芯片分析时，得到了差异基因的list，但是读入GPL6244的注释文件发现gene symbol不是单独的一列，而是隐藏在gene_assignment这一列中间。怎么才能注释得到gene symbol结果？

回复1：这个你可以把 gene_assignment这一列取出来，然后使用 // 分割， 取分割以后的第1列即可。R里面limma包有个函数好像叫  strsplit2() ，你可以试试。

回复2：

library(tidyverse)

symbol<-str_split_fixed(annotation_file$gene_assignment,pattern = "//",3)[,2]

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