1. 机器配置

Dell PowerEdge R710
Dell PowerEdge R730xd

2. 需求

需要搭建 Slurm 集群，至于选择CentOS8 的原因是稳定，强大，主要是新的 Ubuntu 20.04 安装进不去系统。Ubuntu 18.04 以及 CentOS 7 不考虑，希望用最新的 Linux 发行版。

3. 步骤

在R710机器上安装 CentOS8 的时候，在安装界面找不到硬盘，谷歌搜索发现同样的问题别人也遇到过，主要的原因是CentOS8中删除了一些对旧设备的驱动支持。
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解决方法：

3.1 升级服务器固件(可选)

下载相应版本（Linux、Windows） Dell 固件管理软件，并安装到一台有网络连接的电脑上；
Dell EMC Repository Manager 下载链接：https://dl.dell.com/FOLDER06019787M/1/DRMInstaller_3.3.0.627.exe
下载R710服务器的最新固件

https://www.dell.com/support/home/cn/zh/cnbsd1/product-support/product/poweredge-r710/drivers

image.png

参考 DELL 官方文档进行升级

3.2 制作驱动U盘

下载缺失的阵列驱动

https://elrepo.org/linux/dud/el8/x86_64/dd-megaraid_sas-07.707.51.00-1.el8_1.elrepo.iso

下载CentOS8.1 最新 iso 文件，选择阿里云下载路线，要快一点。

http://mirrors.aliyun.com/centos/8.1.1911/isos/x86_64/CentOS-8.1.1911-x86_64-dvd1.iso

制作驱动升级盘

Windows 下建议使用软碟通进行硬盘进行刻录，Linux下可以使用 dd 命令。
同时需要将驱动U盘的卷标设置为：OEMDRV，否则不能自动识别。

制作系统启动U盘

使用 Rufus 或 ImageWriter 都可以。
deepin-boot-maker.zip
FedoraMediaWriter-win64-4.1.5.zip
ImageWriter.zip
rufus-3.10.zip

4. 安装配置系统

4.1 安装系统

安装过程和一般CentOS的安装过程一致，将驱动盘和系统U盘都插入机器，按照正常的安装步骤安装即可。
分区选择自动分区方案即可，觉得不合适可以进行修改。UEFI系统必须保留EFI分区。

4.2 系统配置

设置国内软件源：

## 备份你的原镜像文件，以免出错后可以恢复。
mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo.backup
## 下载新的CentOS-Base.repo 到/etc/yum.repos.d/
wget -c -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-8.repo
## 运行yum makecache生成缓存
yum makecache

清华源设置方式：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/centos/

4.3 安装必备软件

dnf group install "Development Tools"
yum install git tree htop dos2unix

4.4 安装Conda环境

## 下载 MIniconda3
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## 安装
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## 更换清华源
## https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

4.5 安装R环境

## 安装依赖
yum install gcc-gfortran.x86_64 
yum install zlib-devel.x86_64 bzip2-devel.x86_64 xz-devel.x86_64
yum install pcre-devel.x86_64 libcurl-devel.x86_64 readline-devel.x86_64
yum install pcre2-devel.i686 pcre2.i686
yum install texi2html.noarch texinfo.x86_64 texlive.x86_64
yum install cairo-devel.x86_64 libicu-devel.x86_64 
yum install libjpeg-turbo-devel.x86_64  libjpeg-turbo-utils.x86_64 
yum install libpng15.x86_64 libtiff-devel.x86_64 libtirpc-devel.x86_64 
yum install libxcrypt-devel ncurses pango  tcl tk

## 安装缺失sty,这一步主要影响pdf的生成，是一个warning
wget -c https://mirror.bjtu.edu.cn/CTAN/fonts/inconsolata.zip
unzip inconsolata.zip
cp -Rfp inconsolata/* /usr/share/texmf/
mktexlsr

## 安装最新的 java
yum install java-11-openjdk-devel

## 检查配置
./configure --prefix=/home/pub/R-3.6.3 --with-x=no --enable-R-shlib 

## 执行编译
make

问题解决：
Q1: make 过程中遇到如下问题：**recompile with -fPIC**

image.png

解决办法：添加参数侯重新编译

./configure --prefix=/home/pub/R-3.6.3 --with-x=no --enable-R-shlib CFLAGS="-fPIC"

**Q2：找不到 jni.h **