使用iTOL美化进化树

小编之前写过一篇使用“ggtree" 快速美化进化树的文章(使用ggtree对进化树进行分组美化 - ),但是有好多同学反映不会使用R语言,很难读懂那些代码。于是,小编又仔仔细细研究了一下经常使用的iTOL,意外发现,它也可以快速、批量化地完成一些个性化美化!不会使用R语言的同学们可以简单上手!

首先,我们进入iTOL(http://itol.embl.de/),完成简单注册后即可使用。

点击“My Trees”后,选择“Upload tree files”上传自己的树文件。

之后点击自己上传的进化树,进入操作页面。

在控制列表里,用户可以根据自己的需求调整进化树的展示方式、标签字体、颜色、线条粗细等等……(具体的功能大家可以自己尝试)

还可以左键点击进化树上的标签或者枝干调整相应的名称、字体、颜色以及删除不要的分支。

进行完这些微调之后,小编就要教大家如何批量修改进化树啦!

批量修改的方式很简单,只需将参数文件保存为txt格式拖入进化树界面即可!

本文以修改进化树的颜色为例:

# 修改类型TREE_COLORS# 分隔符类型(此处为逗号分隔,也可以使用TAB或者空格分隔,具体查看官方文档)SEPARATOR COMMADATA# 修改标签颜色NODE_ID,label,COLOR,label_style(normal为普通,bold为加粗,italic为斜体,bold-italic为加粗并且斜体),label_size# 例如,我想修改标签NU_1008为蓝色,且加粗字体,字体大小为2NU_1008,label,#0000ff,bold,2# 为标签添加背景色NODE_ID,range,COLOR# 例如,我想为标签NU_1008添加淡紫色背景NU_1008,range,rgba(200,200,255,0.8)# 例如,我想为NU_1008至NU_1018之间的标签添加淡紫色背景NU_1008|NU_1018,range,rgba(200,200,255,0.8)# 修改分支颜色NODE_ID,branch,COLOR,branch_style(normal为实线,dashed为虚线),branch_size# 例如,我想修改标签为NU_1008的分支为蓝色,且把分支设置成宽为2的虚线NU_1008,branch,#0000ff,dashed,2

我们把所有要更改的部位根据模板格式要求进行整理,然后拖入进化树修改界面,即可完成修改!

不知道所要修改的颜色编号时,可以在调色板中查询!

当然,我们这篇文章只是“抛砖引玉”,iTOL还有更加丰富的功能,比如添加标记、与其他类型的图结合等等……具体的参数格式要求,在iTOL的网站上均有说明。

iTOL官方文档地址:

http://itol.embl.de/help.cgi

如,我们想要在标签后面添加domain。

我们就可以在官方文档中找到对应的模板文件,然后根据模板内容进行相应的数据整理,即可实现我们的目标。

这样,我们就不需要钻研R语言代码,便可根据自己的需求美化进化树啦!

此外,iTOL官方还有视频教程,有兴趣的同学可以看一下!

http://itol.embl.de/video_tutorial.cgi

参考资料:

http://itol.embl.de/help.cgi

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