在windows环境下安装运行NCBI-blast程序

NCBI BLAST 程序作为广泛使用的序列比对工具深受大家喜爱，对于一般的生物信息处理过程来讲，网页版的工具已经足够使用，但是若想自己构建自定义的搜索数据库以及对大量序列进行检索，则需要在本地运行。

Linux系统是生物信息处理的通用系统，但不是每个人都会使用Linux系统作为日常的操作系统，为了方便使用，所以本文记录了在win10系统中安装和使用blast程序的过程。

Blastx

程序的下载和安装

可以在NCBI的官方FTP站点下载所需的文件，win10用户可以下载ncbi-blast-2.10.0+-win64.exe

安装过程和一般的软件没有两样，双击安装就可以了，也可以自定义安装路径

安装

构建本地化数据库

因为是命令行工具，所以使用软件需要用到windows上的“终端”，首先，点击powershell,右键选择更多-以管理员身份运行，此举是为了避免不必要的权限问题。

因为下载的是安装版软件，因此，在安装后会自动添加环境变量到系统中，因此在终端输入

makeblastdb -h

会出现程序的用法页面

但是为了通用性，我们依旧进入安装目录来运行对应的程序

左下角搜索powershell，右键选择管理员启动。

输入命令cd C://Users/wanglab1/Desktop，按回车键，目的是找到程序安装的位置。

输入命令cd .\软件\ncbi-blast-2.9.0+-win64\bin\，按回车键，目的是找到程序位置。

构建数据库

输入命令

.\makeblastdb.exe -in C:\Users\wanglab1\Desktop\pepunit.lib 
-dbtype prot -out lailai

按回车，目的是构建数据库。

• makeblastdb.exe表示运行程序；
• -in表示输入；
• pepunit.lib表示下载好的比对数据库，
• C:\Users\wanglab1\Desktop\pepunit.lib 表示数据库的位置；
• -dbtype prot表示数据库类型是protein，
• -out表示输出；
• lailai表示输出的构建完成的数据库名称。

构建本地数据库，所需要的的文件可以是fasta格式的序列，例如：

$ cat test.fsa 
>seq1
MSFSTKPLDMATWPDFAALVERHNGVWGGCWCMAFHAKGSGAVGNREAKEARVREGSTHAALVFDGSACVGWCQFGPTGE
LPRIKHLRAYEDGQAVLPDWRITCFFSDKAFRGKGVAAAALAGALAEIGRLGGGTVESYPEDAQGRTVAGAFLHNGTLAM
>seq2
MKAIDLKAEEKKRLIEGIQDFFYEERNEEIGIIAAEKALDFFLSGVGKLIYNKALDESKIWFSRRLEDISLDYELLYK
>seq3 
MTLAAAAQSATWTFIDGDWYEGNVAILGPRSHAMWLGTSVFDGARWFEGVAPDLELHAARVNASAIALGLAPNMTPEQIV
GLTWDGLKKFDGKTAVYIRPMYWAEHGGYMGVPADPASTRFCLCLYESPMISPTGFSVTVSPFRRPTIETMPTNAKAGCL
YPNNGRAILEAKARGFDNALVLDMLGNVAETGSSNIFLVKDGHVLTPAPNGTFLSGITRSRTMTLLGDYGFRTTEKTLSV
RDFLEADEIFSTGNHSKVVPITRIEGRDLQPGPVAKKARELYWDWAHSASVG
>seq4
MRSFFHHVAAADPASFGVAQRVLTIPIKRAHIEVTHHLTKAEVDALIAAPNPRTSRGRRDRTFLLFLARTGARVSEATGV
NANDLQLERSHPQVLLRGKGRRDRVIPIPQDLARALTALLAEHGIANHEPRPIFIGARQERLTRFGATHIVRRAAAQAVT
IKPALAHKPISPHIFRHSLAMKLLQSGVDLLTIQAWLGHAQVATTHRYAAADVEMMRKGLEKAGVSGDLGLRFRPNDAVL
QLLTSI
>seq5
MTISRVCGSRTEAMLTNGQEIAMTSILKSTGAVALLLLYTLTANATSLMISPSSIERVAPDRAAVFHLRNQMDRPISIKV
RVFRWSQKGGVEKLEPTGDVVASPISAQLSPNGNRAVRVVRVSKEPLRSEEGYRVVIDEADPTRNTPEAESLSARHVLPV
LFRPPDVLGPEIELSLTRSDGWLMLVVENKGASRLRRSDVTLAQGSAGIARREGFVGYVLPGLTRHWRVGREDSYSGGIV
TVSANSSGGAIGEQLVVSGR
>seq6
TTLLLQVPIGWGVLHQGGALVVLGFAIAHWRGFVGTYTRDTAIEMRD

输入命令 dir，按回车，可以查看到构建好的数据库。

注意，如果你在构建数据库过程中遇到内存不足的报错，请毫不犹豫的去下载2.9版本的blast运行，因为从2.10.0发行版开始，makeblastdb默认情况下会生成使用LMDB的版本5数据库。LMDB需要虚拟内存（至少600 GB，但建议800 GB）。

使用构建好的数据库搜索

搜索

输入命令

.\blastp.exe -query C:\Users\wanglab1\Desktop\test1.fasta.txt 
-db lailai -out biduijiguo.txt

• blastp.exe表示运行程序；
• -query待比对的输入序列，必须是fasta格式文件，这里文件命名是test1；
• C:\Users\wanglab1\Desktop\test1.fasta.txt表示文件test1的位置；
• -db表示数据库；
• -out表示输出；
• biduijiguo.txt表示比对结果输出到biduijiguo文件中。

查看结果

比对结果保存在，电脑上的blast文件夹中，子文件夹bin中，名称为biduijieguo的txt记事本。

整个操作过程如下：