Linux基础(一)

基础命令：

cd  空格                 #进入家目录
cd ~                    #进入家目录
cd -                    #与上次所在目录进行切换
pwd                     #查看当前所在路径
tree                    #以树状结构展现文件层级
history                 #查看所有运行命令的历史记录
cat/more/less           #查看文件内容
ls                      #查看当前目录的文件
ls -lh                  #查看当前文件的详细信息
alias  ll='ls -lh'      #建立命令快捷方式
echo                    #打印字符串
rm                      #删除文件
mv                      #移动文件或改名(剪切)
cp                      #拷贝               

1、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹。

>mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9      #创建多级目录要加参数-p
>tree 1
1
└── 2
    └── 3
        └── 4
            └── 5
                └── 6
                    └── 7
                        └── 8
                            └── 9

8 directories, 0 files

2、在创建好的文件夹下面，比如我的是 ~/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txt

>cd ~/1/2/3/4/5/6/7/8/9    #进入文件夹
>touch me.txt              #创建文件
>ls                        #查看目录文件
me.txt

3、在文本文件 me.txt 里面输入内容:

I love bioinfomatics.
And you ?

>vim me.txt         #esc :  wq 保存
>cat me.txt         #查看文件内容
I love bioinfomatics.
And you ?

4、删除上面创建的文件夹 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件 me.txt

>cd ~
>rm -rf 1      #-rf表示逐级删除目录，删除文件不需要

5、在任意文件夹下面创建 folder1~5这5个文件夹，然后每个文件夹下面继续创建 folder1~5这5个文件夹

>for i in `seq 5`;do mkdir folder_$i;for n in `seq 5`;do mkdir folder_$i/folder_$n;done;done
>ls */
folder_1/:
folder_1  folder_2  folder_3  folder_4  folder_5

folder_2/:
folder_1  folder_2  folder_3  folder_4  folder_5

folder_3/:
folder_1  folder_2  folder_3  folder_4  folder_5

folder_4/:
folder_1  folder_2  folder_3  folder_4  folder_5

folder_5/:
folder_1  folder_2  folder_3  folder_4  folder_5

6、在第五题创建的每一个文件夹下面都创建第二题文本文件 me.txt ，内容也要一样。

>for i in `seq 5`;do for n in `seq 5`;do echo 'I love bioinfomatics.And you ?' > ~/folder_$i/folder_$n/me.txt;done;done
>tree folder_*
folder_1
├── folder_1
│   └── me.txt
├── folder_2
│   └── me.txt
├── folder_3
│   └── me.txt
├── folder_4
│   └── me.txt
└── folder_5
    └── me.txt
folder_2
├── folder_1
│   └── me.txt
├── folder_2
│   └── me.txt
├── folder_3
│   └── me.txt
├── folder_4
│   └── me.txt
└── folder_5
    └── me.txt
folder_3
├── folder_1
│   └── me.txt
├── folder_2
│   └── me.txt
├── folder_3
│   └── me.txt
├── folder_4
│   └── me.txt
└── folder_5
    └── me.txt
folder_4
├── folder_1
│   └── me.txt
├── folder_2
│   └── me.txt
├── folder_3
│   └── me.txt
├── folder_4
│   └── me.txt
└── folder_5
    └── me.txt
folder_5
├── folder_1
│   └── me.txt
├── folder_2
│   └── me.txt
├── folder_3
│   └── me.txt
├── folder_4
│   └── me.txt
└── folder_5
    └── me.txt
25 directories, 25 files

7、再次删除掉前面几个步骤建立的文件夹及文件

>rm -rf folder_*

8、下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件，后在里面选择含有 H3K4me3 的那一行是第几行，该文件总共有几行。

>wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed    #下载
>grep -n 'H3K4me3' test.bed      #-n显示行号，如下所示有 H3K4me3 的那一行是第8行
8:chr1  9810    10438   ID=SRX387603;Name=H3K4me3%20(@%20HMLE);Title=GSM1280527:%20HMLE%20Twist3D%20H3K4me3%20rep2%3B%20Homo%20sapiens%3B%20ChIP-Seq;Cell%20group=Breast;
source_name=HMLE_Twist3D_H3K4me3;cell%20type=human%20mammary%20epithelial%20cells;transfected%20with=Twist1;culture%20type=sphere;chip%20antibody=H3K4me3;chip%20antibody%20vendor=Millipore;        222     .       9810    10438   0,226,255
>wc -l test.bed       #查看文件行数，该文件共10行
10 test.bed

9、下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件，并且解压，查看里面的文件夹结构

>wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 
>unzip rmDuplicate.zip 
>tree rmDuplicate
rmDuplicate
├── picard
│   ├── paired
│   │   ├── readme.txt
│   │   ├── tmp.header
│   │   ├── tmp.MarkDuplicates.log
│   │   ├── tmp.metrics
│   │   ├── tmp.rmdup.bai
│   │   ├── tmp.rmdup.bam
│   │   ├── tmp.sam
│   │   └── tmp.sorted.bam
│   └── single
│       ├── readme.txt
│       ├── tmp.header
│       ├── tmp.MarkDuplicates.log
│       ├── tmp.metrics
│       ├── tmp.rmdup.bai
│       ├── tmp.rmdup.bam
│       ├── tmp.sam
│       └── tmp.sorted.bam
└── samtools
    ├── paired
    │   ├── readme.txt
    │   ├── tmp.header
    │   ├── tmp.rmdup.bam
    │   ├── tmp.rmdup.vcf.gz
    │   ├── tmp.sam
    │   ├── tmp.sorted.bam
    │   └── tmp.sorted.vcf.gz
    └── single
        ├── readme.txt
        ├── tmp.header
        ├── tmp.rmdup.bam
        ├── tmp.rmdup.vcf.gz
        ├── tmp.sam
        ├── tmp.sorted.bam
        └── tmp.sorted.vcf.gz

6 directories, 30 files

10、打开第九题解压的文件，进入 rmDuplicate/samtools/single 文件夹里面，查看后缀为 .sam 的文件，搞清楚生物信息学里面的SAM/BAM 定义是什么。

>cd rmDuplicate/samtools/single 
>ls
readme.txt  tmp.header  tmp.rmdup.bam  tmp.rmdup.vcf.gz  tmp.sam  tmp.sorted.bam  tmp.sorted.vcf.gz
>less -S tmp.sam       #.bam文件是二进制问件，查看要安装Samtools，使用samtools view查看
SRR1042600.42157053     0       chr1    629895  42      51M     *       0       0       ATAACCAATACTACCAATCANTACTCATCATTAATAATCATAATGGCTA
SRR1042600.42212881     0       chr1    629895  42      51M     *       0       0       ATAACCAATACTACCAATCANTACTCATCATTAATAATCATAATGGCTA
SRR1042600.12010763     16      chr1    629895  24      51M     *       0       0       ATAACCAATACTTCTAATCAAAACTCATCATTAATAATCATAATGGCTA
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