2021-11-12bedtools学习

bedtools (https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.html) 作为基因组数据处理的利器，适用于处理BED,BEDPE,GFF,GENOME,SAM/BAM及VCF类型数据，犹他大学昆兰实验室将其分成了不同的套件，以针对不同的需求。同时，灵活地组合使用这些套件，又可以完成一系列的高级需求。

常用：对bed文件排序的时候总是报错，可切换不同的sort方法

sortBed -i  input.bed
bedtools sort -i input.bed
sort -k 1,1 -k2,2n input.bed
sort -V -k 1,3 input.bed

因为组件非常丰富，经常使用，特列笔记在此：

suite	描述
annotate	注释多个文件的覆盖特征
bamtobed	将bam文件转换为BED格式
bamtofastq	将bam文件转换为FASTQ格式
bed12tobed6	将BED12间隔转换为BED6间隔
bedpetobam	将BEDPE间隔转化为BAM格式
bedtobam	将间隔转换为BAM记录
closest	寻找最近的潜在的非重叠区间
cluster	聚类（不合并）重叠的区间
complement	获得区间的补集
coverge	计算特定区间的覆盖
expand	根据列值重复行数
flank	从当前区间侧翼创建新的区间
genomecov	从整个基因组计算覆盖深度
getfasta	根据区间从FASTA文件中提取序列
groupby	按特征列进行分组
igv	创建一个IGV快照批处理脚本
intersect	用各种不同的方式寻找重叠区域
jaccard	计算b/w两个间隔区域的Jaccard统计量
links	创建一个连接UCSC位点的HTML页面
makewindows	创建基因组区间窗口
map	为每个重叠区间队列应用一个函数
maskfasta	利用区间隐藏FASTA文件序列
merge	合并重叠区间形成一个新的区间
multicov	计算多个BAM文件在特定区间的覆盖深度
multiinter	标记多个区间文件的公共区间
nuc	分析FASTA文件某区间的核酸含量
overlap	计算两个区间重叠范围的长度
pairtobed	找出以各种方式重叠区间的对
pairtopair	找出以各种方式重叠其他配对的配对
random	产生一个基因组的随机区间
reldist	计算两个文件的相对距离分布
shift	调整区间的位置
shuffle	在基因组中随机重新分配时间间隔
slop	调整区间的大小
sort	对区间进行排序
subtract	对两个区间文件取差集
tag	根据区间的重叠区域标记BAM Tag
unionbedg	根据多个BEDGRAPH文件合并覆盖区间
window	在一个间隔周围的窗口寻找重叠区间