生信技能23 - Samtools提取BWA比对的mapped reads

本文目的：筛选出能比对到参考序列的mapped reads，形成新的fastq文件

参考序列构建索引

bwa index ref.fasta

运行成功后会生成5个结果文件：ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt、ref.fasta.pac、ref.fasta.sa

bwa比对+samtools进行sam2bam转换

利用samtools view 命令可将bwa比对生成的为sam（sequence Alignment mapping)文件，将SAM转换为二进制对应的BAM格式。

bwa mem ref.fasta sample_R1.fq.gz sample_R2.fq.gz | samtools view -Sb - > sample.bam